Theo khoản 2 Mục II Thông tư liên tịch 11/2005/TTLT-BNV-BLĐTBXH-BTC-UBDT, phụ cấp khu vực được quy định gồm 7 mức: 0,1; 0,2; 0,3; 0,4; 0,5; 0,7 và 1,0 so với mức lương tối thiểu chung (mức lương cơ sở). Mức 1,0 chỉ áp dụng đối với những hải đảo đặc biệt khó khăn, gian khổ như quần đảo Trường Sa thuộc tỉnh Khánh Hòa.
Căn cứ khoản 3 Mục II Thông tư liên tịch 11/2005/TTLT-BNV-BLĐTBXH-BTC-UBDT, phụ cấp khu vực được tính trả theo quy định sau:
- Phụ cấp khu vực được xác định, tính trả theo nơi làm việc đối với những người đang làm việc; được xác định, tính toán, chi trả theo nơi đăng ký thường trú và nhận lương hưu, trợ cấp thay lương đối với người nghỉ hưu và người hưởng trợ cấp hàng tháng theo quy định.
- Phụ cấp khu vực được trả cùng kỳ lương, phụ cấp, trợ cấp hàng tháng.
- Trường hợp đi công tác, đi học, điều trị, điều dưỡng có thời hạn từ một tháng trở lên thì hưởng phụ cấp khu vực theo mức quy định ở nơi công tác, học tập, điều trị, điều dưỡng kể từ ngày đến nơi mới.
Nếu nơi mới đến không có phụ cấp khu vực thì thôi hưởng phụ cấp khu vực ở nơi trước khi đi.