Mức phụ cấp phụ cấp thâm niên vượt khung được quy định tại Điểm 1 Mục III Thông tư 04/2005/TT-BNV (sửa đổi bởi Thông tư 03/2021/TT-BNV) như sau:

- Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động có đủ điều kiện thời gian và tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung quy định tại mục 3 dưới đây được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung như sau:

+ Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động quy định tại (1.1) mục 2 dưới đây, sau 3 năm (đủ 36 tháng) đã xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh, được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bằng 5% mức lương của bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh đó.

Từ năm thứ tư trở đi, mỗi năm có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1%.

+ Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động quy định tại (1.2) mục 2 dưới đây, sau 2 năm (đủ 24 tháng) đã xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch được hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bằng 5% mức hưởng của bậc lương cuối cùng trong ngạch đó.

Từ năm thứ ba trở đi, mỗi năm có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1% .

- Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động khi chuyển xếp lương cũ sang lương mới theo quy định tại Thông tư liên tịch 01/2005/TTLT-BNV-BTC, nếu lương mới đã được tính hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung thì thời gian giữ bậc lương cũ dùng làm căn cứ để chuyển xếp sang lương mới được tính để hưởng thêm phụ cấp thâm niên vượt khung theo nguyên tắc cứ mỗi năm giữ bậc lương cũ mà có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1% phụ cấp thâm niên vượt khung.

- Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động nếu không hoàn thành nhiệm vụ được giao hàng năm hoặc bị kỷ luật một trong các hình thức khiển trách, cảnh cáo, giáng chức hoặc cách chức thì cứ mỗi năm không hoàn thành nhiệm vụ được giao hoặc bị kỷ luật thì thời gian để xét hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bị kéo dài được xác định như các trường hợp kéo dài thời gian nâng bậc lương thường xuyên quy định tại khoản 5 Điều 1 Thông tư 03/2021/TT-BNV.

- Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động đã có kết luận của cơ quan có thẩm quyền là oan, sai sau khi bị đình chỉ công tác, bị tạm giữ, tạm giam, bị kỷ luật (khiển trách, cảnh cáo, cách chức hoặc bị bãi nhiệm), nếu vẫn được cơ quan có thẩm quyền đánh giá (bằng văn bản) là hoàn thành nhiệm vụ công tác được giao hàng năm:

Thì được tính lại các mức phụ cấp thâm niên vượt khung như khi đạt đủ tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung quy định tại Thông tư 04/2005/TT-BNV (sửa đổi bởi Thông tư 03/2021/TT-BNV) và được truy lĩnh phụ cấp, truy nộp bảo hiểm xã hội (bao gồm cả phần bảo hiểm xã hội do cơ quan, đơn vị đóng) theo các mức phụ cấp thâm niên vượt khung đã được tính lại.