Căn cứ Khoản 2 Điều 4 Nghị định 34/2012/NĐ-CP về nguyên tắc áp dụng chế độ phụ cấp công vụ:

1. Phụ cấp công vụ được chi trả cùng kỳ lương hàng tháng và không dùng để tính đóng, hưởng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế.

2. Thời gian không được tính hưởng phụ cấp công vụ, bao gồm:

a) Thời gian đi công tác, làm việc học tập ở nước ngoài được hưởng 40% tiền lương theo quy định tại Khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang;

b) Thời gian nghỉ việc không hưởng lương liên tục từ 01 tháng trở lên;

c) Thời gian nghỉ việc hưởng trợ cấp bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội;

d) Thời gian bị tạm đình chỉ công tác hoặc bị tạm giữ, tạm giam.

3. Khi thôi làm việc trong các cơ quan của Đảng Cộng sản Việt Nam, Nhà nước, tổ chức chính trị - xã hội và lực lượng vũ trang thì thôi hưởng phụ cấp công vụ từ tháng tiếp theo.

4. Đối tượng được hưởng phụ cấp ưu đãi theo nghề, phụ cấp trách nhiệm theo nghề hoặc phụ cấp đặc thù theo quy định của cơ quan có thẩm quyền thì cũng được hưởng phụ cấp công vụ quy định tại Nghị định này.

Như vậy, công chức trong thời gian nghỉ thai sản không hưởng phụ cấp công vụ vì thời gian nghỉ thai sản thuộc trường hợp thời gian nghỉ việc hưởng trợ cấp bảo hiểm xã hội chi trả.