Điểm 1.1 tiểu mục 1 Mục III Thông tư 04/2005/TT-BNV (được bổ sung bởi Khoản 3 Điều 2 Thông tư 03/2021/TT-BNV và được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 2 Thông tư 03/2021/TT-BNV) quy định như sau:
Đối với cán bộ sau 3 năm xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh từ loại A0 đến A3 và trong chức danh chuyên môn nghiệp vụ ngành Tòa án, ngành Kiểm sát cách tính mức hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung là:
Mức hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung = 5% mức lương của bậc lương cuối cùng trong ngạch hoặc trong chức danh.
Sau đó, cứ từ năm thứ 4 trở đi thì mỗi năm đủ hai tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1%.
Đối với cán bộ sau 2 năm xếp bậc lương cuối cùng trong ngạch công chức, viên chức loại B và loại C và ngạch nhân viên thừa hành, phục vụ thì cách tính mức hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung là:
Mức hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung = 5% mức lương của bậc lương cuối cùng trong ngạch.
Sau đó, cứ từ năm thứ 3 trở đi, mỗi năm có đủ 2 tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1%.
Đối với cán bộ khi chuyển xếp lương cũ sang lương mới theo quy định tại Thông tư liên tịch 01/2005/TTLT-BNV-BTC của Bộ Nội vụ - Bộ Tài chính, nếu lương mới đã được tính hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung thì:
Thời gian giữ bậc lương cũ dùng làm căn cứ để chuyển xếp sang lương mới được tính để hưởng thêm phụ cấp thâm niên vượt khung theo nguyên tắc cứ mỗi năm giữ bậc lương cũ mà có đủ hai tiêu chuẩn hưởng phú cấp thâm niên vượt khung được tính hưởng thêm 1% phụ cấp thâm niên vượt khung.
Cán bộ nếu không hoàn thành nhiệm vụ được giao hàng năm hoặc bị kỷ luật một trong các hình thức khiển trách, cảnh cáo, giáng chức hoặc cách chức thì cứ mỗi năm không hoàn thành nhiệm vụ được giao hoặc bị kỷ luật thì thời gian để xét hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung bị kéo dài được xác định như các trường hợp kéo dài thời gian nâng bậc lương thường xuyên quy định tại Khoản 5 Điều 1 Thông tư 03/2021/TT-BNV.
Đối với cán bộ đã có kết Luận của cơ quan có thẩm quyền là oan, sai sau khi bị đình chỉ công tác, bị tạm giữ, tạm giam, bị kỷ Luật (khiển trách, cảnh cáo, cách chức hoặc bị bãi nhiệm), nếu vẫn được cơ quan có thẩm quyền đánh giá (bằng văn bản) là:
Hoàn thành nhiệm vụ công tác được giao hàng năm, thì được tính lại các mức phụ cấp thâm niên vượt khung như khi đạt đủ tiêu chuẩn hưởng phụ cấp thâm niên vượt khung quy định tại Thông tư này và được truy lĩnh phụ cấp, truy nộp bảo hiểm xã hội (bao gồm cả phần bảo hiểm xã hội do cơ quan, đơn vị đóng) theo các mức phụ cấp thâm niên vượt khung đã được tính lại.