Điều 4 Thông tư 33/2015/TT-BYT có quy định:

Mối quan hệ

1. Trạm Y tế xã là đơn vị y tế thuộc Trung tâm Y tế huyện, chịu sự quản lý toàn diện, điều hành trực tiếp của Giám đốc Trung tâm Y tế huyện.

2. Trạm y tế xã chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã trong việc thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của pháp luật.

3. Trạm y tế xã có mối quan hệ phối hợp với các tổ chức chính trị xã hội ở cấp xã và Trưởng thôn, bản trong việc tổ chức triển khai thực hiện các hoạt động chăm sóc sức khỏe cho nhân dân trên địa bàn.

Theo đó thì Trạm Y tế xã chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã trong việc thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của pháp luật.