Hiện nay, Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã được hưởng những khoản phụ cấp theo Nghị định 72/2020/NĐ-CP như sau:

- Phụ cấp chức vụ của chỉ huy trưởng Ban Chỉ huy quân sự cấp xã được trả theo tháng với mức hưởng cụ thể là 357.600 đồng.

- Ngoài phụ cấp chức vụ hưởng hàng tháng, Chỉ huy trưởng Ban Chỉ huy quân sự cấp xã còn được hưởng phụ cấp thâm niên bằng 5% mức lương hiện hưởng và phụ cấp chức vụ, phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) khi có thời gian công tác đủ 60 tháng trở lên. Từ năm thứ 6 trở đi, mỗi năm sẽ thêm 1%.

Theo tinh thần chỉ đạo cải cách tiền lương tại Nghị quyết 27-NQ/TW năm 2018 thì các chế độ phụ cấp hiện hành sẽ được sắp xếp lại, bảo đảm tổng quỹ phụ cấp chiếm tối đa 30% tổng quỹ lương. Theo đó, sau khi thực hiện cải cách tiền lương thì các khoản phụ cấp mà Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã được hưởng sẽ thay đổi:

+ Hiện nay, Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã vẫn là công chức cấp xã theo quy định tại Nghị định 33/2023/NĐ-CP. Tuy nhiên, tại tại Khoản 3 Điều 23 Luật Dân quân tự vệ 2019 có quy định sĩ quan Quân đội nhân dân Việt Nam giữ chức vụ chỉ huy dân quân tự vệtrong trường hợp cần thiết.

Do đó, về khoản phụ cấp thâm niên nghề sau cải cách tiền lương, nếu Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã được bổ nhiệm theo tiêu chuẩn bình thường mà không phải là sĩ quan Quân đội nhân dân Việt Nam đảm nhiệm trong trường hợp cần thiết thì vẫn là công chức cấp xã nên khoản phụ cấp thâm niên nghề sẽ bị bãi bỏ.

Trong trường hợp Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã là sĩ quan Quân đội nhân dân Việt Nam đảm nhiệm trong trường hợp cần thiết thì vẫn được hưởng phụ cấp thâm niên nghề.

Ngoài ra, phụ cấp chức vụ đối với chức danh Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự cấp xã sẽ bị bảo bỏ không phân biệt trường hợp là công chức cấp xã hay sĩ quan Quân đội nhân dân Việt Nam; phụ cấp thâm niên vượt khung tiếp tục được áp dụng.