Theo quy định tại thông tư liên tịch trên, công chức quản lý thị trường không được hưởng phụ cấp ưu đãi theo nghề trong các trường hợp sau:

- Thời gian công tác, làm việc, học tập ở nước ngoài hưởng 40% tiền lương theo quy định tại Khoản 4 Điều 8 Nghị định 204/2004/NĐ-CP.

- Thời gian học tập trung trong nước từ ba tháng liên tục trở lên.

- Thời gian nghỉ việc riêng không hưởng lương từ một tháng liên tục trở lên.

- Thời gian nghỉ ốm đau, thai sản vượt quá thời gian quy định tại Điều lệ Bảo hiểm xã hội hiện hành của Nhà nước.

- Thời gian bị đình chỉ công tác.

Hiện nay, công chức quản lý thị trường được hưởng phụ cấp ưu đãi theo nghề theo quy định tại Mục I Thông tư liên tịch 12/2006/TTLT-BTM-BNV-BTC như sau:

Mức phụ cấp ưu đãi 25% áp dụng đối với Kiểm soát viên thị trường (mã số 21.189); Kiểm soát viên trung cấp thị trường (mã số 21.190); Nhân viên kiểm soát thị trường (mã số 21.217).

Mức phụ cấp ưu đãi 20% áp dụng đối với Kiểm soát viên chính thị trường (mã số 21.188).

Mức phụ cấp ưu đãi 15% áp dụng đối với Kiểm soát viên cao cấp thị trường (mã số 21.187).

Mức phụ cấp ưu đãi được tính trên mức lương theo ngạch, bậc hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo, phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có).