Theo khoản 3 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019 quy định không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử trong các trường hợp sau đây:

- Cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa bằng văn bản;

- Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế, đã được cơ quan quản lý thuế thông báo về số tiền nộp thừa trên phương tiện thông tin đại chúng mà sau 01 năm kể từ ngày thông báo, người nộp thuế không có phản hồi bằng văn bản yêu cầu hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với cơ quan quản lý thuế;

- Khoản nộp thừa quá thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước mà người nộp thuế không bù trừ nghĩa vụ thuế và không hoàn thuế.

Cách xử lý số tiền thuế nộp thừa theo Khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) theo quy định tại Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả.