Để hỗ trợ doanh nghiệp, người dân giảm bớt khó khăn do ảnh hưởng của dịch COVID-19, từ ngày 1.2.2022 đến 31.12.2022, Chính phủ giảm thuế VAT từ 10% xuống 8% cho các phương tiện qua trạm thu phí giao thông. Từ ngày 1.1.2023 thuế VAT trở về 10% nên các tuyến đường, cao tốc có thu phí đưa mức thuế VAT trở lại 10% như trước đây.
Tuy nhiên, nhiều tài xế đi trên các tuyến cao tốc của VEC quản lý, khai thác như Pháp Vân - Cầu Giẽ, Cầu Giẽ - Ninh Bình và TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây bất ngờ vì phải trả phí cao hơn khi đã tính thuế VAT 10%.
Theo anh Vũ Đình Tú (Mễ Trì, Hà Nội), ngày 31.12.2022 anh đi trên tuyến cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ và Cầu Giẽ - Ninh Bình và thấy phần mềm thu phí tự động (ETC) thông báo hết 103.000 đồng, gồm 8% thuế VAT. Nhưng ngày 1.1.2023 khi trở về Hà Nội cũng với hành trình trên thì phần mềm thu phí thông báo trừ 110.000 đồng tiền phí. Trong khi đó, trước ngày 1.2.2022, với thuế VAT 10% thì tổng tiền phải trả khi đi hết hai tuyến cao tốc này là 105.000 đồng.
Liên quan đến vấn đề này, đại diện VEC cho biết, từ ngày 1.1.2023 VEC điều chỉnh mức thuế giá trị gia tăng từ 8% lên 10% trong giá sử dụng dịch vụ đường bộ cao tốc các tuyến đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai, Cầu Giẽ - Ninh Bình, Đà Nẵng - Quảng Ngải, TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây.
Theo VEC, phương thức thu phí hệ thống đường cao tốc do VEC làm chủ đầu tư là phương thức thu phí kín. Khi chưa áp dụng thu phí không dừng chủ phương tiện trả phí bằng tiền mặt. Để phù hợp với các mệnh giá tiền lẻ, VEC đã tính toán giá vé đường cao tốc trên nguyên tắc làm tròn các mệnh giá cước phí. Phần lớn việc làm tròn đều giảm so với giá trị thực được tính toán theo hướng có lợi cho người tham gia giao thông.
Cụ thể, dự án Cầu Giẽ - Ninh Bình xe loại 2 chặng Đại Xuyên - Liêm Tuyền tính toán 62.100 đồng nhưng giá niêm yết là 60.000 đồng. Chặng Đại Xuyên - Cao Bồ xe loại 1 theo tính toán là 75.045 đồng nhưng giá niêm yết là 70.000 đồng, xe loại 2 là 112.568 đồng nhưng giá niêm yết là 100.000 đồng
Dự án TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây xe loại 2 chặng Long Phước - Dầu Giây tính toán 152.949 đồng nhưng giá niêm yết là 150.000 đồng. Dự án Nội Bài - Lào Cai: xe loại 1 chặng IC3 - Trạm Km237 theo tính toán 284.225 đồng nhưng giá niêm yết là 280.000 đồng...
Từ ngày 1.8.2022, hệ thống thu phí không dừng đã đưa vào sử dụng toàn bộ trên các tuyến đường cao tốc, các giao dịch được trừ tự động trên tài khoản khách hàng tham gia giao thông, không phụ thuộc vào các mệnh giá như khi thu tiền mặt trước đây. VEC chỉ thực hiện làm tròn các mệnh giá cước phí đến hàng nghìn đồng. Việc thay đổi về nguyên tắc tính trên, dẫn đến có một số thay đổi nhỏ giữa giá niêm yết trước đây và giá hiện tại.