Cụ thể, tại dự án án Khu dân cư Nhơn Đức, xã Nhơn Đức, huyện Nhà Bè do Công ty cổ phần Vạn Phát Hưng (Công ty Vạn Phát Hưng) làm chủ đầu tư qua công tác thanh tra, Thanh tra thành phố đã phát hiện nhiều sai phạm của chủ đầu tư dự án như san lắp kênh rạch, xây dựng trái phép, không đóng tiền sử dụng đất, nợ thuế, bán hàng trái phép...
Chính quyền địa phương là UBND huyện Nhà Bè và một số sở, ngành có dấu hiệu buông lỏng quản lý, giúp doanh nghiệp kéo dài quá trình sai phạm.
Dựa trên kết quả thanh tra, Chủ tịch UBND TPHCM Nguyễn Thành Phong vừa có ý kiến kết luận yêu cầu đối với các hành vi vi phạm pháp luật về xây dựng, nhà ở, kinh doanh bất động sản của Công ty Vạn Phát Hưng, UBND TPHCM giao Sở Xây dựng xử lý theo thẩm quyền.
UBND TPHCM giao Cục Thuế TPHCM kiểm tra việc Công ty Vạn Phát Hưng phân bổ giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng bao gồm chi phí thỏa thuận nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các hộ dân là hơn 52 tỉ đồng (công ty chưa cung cấp tài liệu để chứng minh), nhưng trên thực tế chi phí này đã được tính khấu trừ hoàn toàn vào tiền sử dụng đất phải nộp để kết luận, xử lý vi phạm (nếu có) theo đúng quy định của pháp luật, tránh thất thu cho ngân sách Nhà nước.
Ngoài ra, UBND TPHCM yêu cầu Sở Tài chính kiểm tra số tiền hơn 658 tỉ đồng mà Công ty Vạn Phát Hưng đã nhận từ Trường Đại học Sư phạm Thể dục thể thao, Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường về khoản hoàn trả liên quan đến việc bồi thường, hỗ trợ khi Nhà nước thu hồi một phần đất tại dự án để xác định thuế giá trị gia tăng chủ đầu tư phải nộp theo đúng quy định, đảm bảo thu đúng, thu đủ vào ngân sách Nhà nước.
Còn tại dự án Khu sinh thái văn hoá hồ Vĩnh Lộc, huyện Bình Chánh, dự án được giao đất cho Công ty Đầu tư xây dựng Bình Chánh theo Quyết định số 1104/QĐ-TTg ngày 26.11.1999 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 15433/QĐ-UBND của UBND TPHCM.
Sau đó, UBND TPHCM lại ra Quyết định số 353/QĐ-UBND ngày 21.1.2011 (Quyết định 353) về việc ngưng thực hiện dự án. Dựa trên chỉ đạo này, UBND huyện Bình Chánh đã giao các xã kiểm tra việc sử dụng đất của các hộ dân tại khu đất thu hồi và rà soát quy hoạch.
Quá trình thanh tra toàn diện dự án cho thấy, Quyết định 353 được ban hành khi chưa đầy đủ pháp lý về trình tự, thủ tục nên UBND TPHCM giao Sở TN&MT tham mưu cho Thành phố xem xét điều chỉnh hoặc thu hồi, huỷ bỏ quyết định này; tham mưu thu hồi đất của Công ty Đầu tư xây dựng Bình Chánh.
Chủ tịch Nguyễn Thành Phong chỉ đạo tổ chức kiểm điểm xử lý trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có thiếu sót trong việc tham mưu ban hành Quyết định 353 chưa đầy đủ pháp lý về trình tự, thủ tục. Về số tiền gần 2,5 tỉ đồng, là chi phí bồi thường hơn 11ha, UBND TPHCM giao Sở Tài chính hướng dẫn các đơn vị có trách nhiệm quyết toán.
UBND huyện Bình Chánh phải khẩn trương lập quy hoạch chi tiết 1/2.000, điều chỉnh giữa ranh được duyệt và ranh giao đất của Thủ tướng Chính phủ. Bên cạnh đó, nhanh chóng xử lý vi phạm phần đất thuộc dự án tại 3 xã Vĩnh Lộc A, Vĩnh Lộc B và Phạm Văn Hai.