Còn nhớ ở đợt hội quân trong tháng 9, thủ môn Filip Nguyễn bất ngờ được triệu tập lên tuyển CH Séc, chuẩn bị cho trận gặp Scotland trên sân nhà. Khi đó, các thành viên đội hình 1 CH Séc và cả huấn luyện viên Jaroslav Silhavy bị cách ly do có 2 nhân viên bị nhiễm COVID-19.
Để chữa cháy, Liên đoàn bóng đá CH Séc thành lập đội hình 2, trao quyền dẫn dắt của huấn luyện viên khác. Filip Nguyễn được đánh giá có kinh nghiệm nhất trong số 3 thủ môn được gọi lên. Tuy nhiên, người bắt chính ở trận CH Séc thua Scotland 1-2 hôm 8.9 là Ales Mandous, thủ thành khoác áo Sigma Olomouc, đội bóng sở hữu sân diễn ra trận CH Séc – Scotland.
Tháng 10 này, dịp FIFA Days (ngày thi đấu chính thức của FIFA) trở lại, Filip Nguyễn đã không được ông Silhavy triệu tập chuẩn bị cho 3 trận gặp Síp (7.10, giao hữu), Israel (11.10) và Scotland (14.10, đều tại Nations League). 3 thủ môn được gọi lên gồm Tomas Vaclik, Jiri Pavlenka và Ondrej Kolar, đều là những cái tên đượcsử dụng thường xuyên tại vòng loại EURO 2020. So với Filip Nguyễn, họ được đánh giá cao hơn về tài năng lẫn kinh nghiệm thi đấu quốc tế.
Tuy nhiên, cơ hội cho thủ môn gốc Việt vẫn còn nhiều nếu anh vẫn tiếp tục thể hiện phong độ xuất sắc như hiện tại. Tại vòng loại Europa League mới đây, Filip Nguyễn thi đấu xuất thần để cùng Slovan Liberec đánh bại APOEL Nicosia, qua đó giành vé dự Europa League lần đầu tiên kể từ mùa 2016-2017.