Để chuẩn bị cho loạt trận giao hữu quốc tế (gặp đội tuyển Đức) cũng như vòng bảng UEFA Nations League (gặp Israel và Slovakia), Filip Nguyễn có lần thứ 3 được triệu tập lên đội tuyển CH Czech. Tuy nhiên, một thông tin buồn khiến thủ thành Việt kiều không thể góp mặt trong đợt tập trung lần này.
Theo kết quả xét nghiệm mới nhất trước khi hội quân, Filip Nguyễn đã dương tính với COVID-19. Trang thông tin Zsport của CH Czech cũng đã xác nhận thông tin này: “Thật không may khi Filip Nguyễn dương tính với COVID-19 và buộc phải bỏ qua các trận đấu của đội tuyển quốc gia”.
Bản thân thủ thành Việt kiều cũng đã gián tiếp chia sẻ thông tin này trên trang Instagram cá nhân.
Tại UEFA Nations League, đội tuyển CH Czech đã trải qua 4 trận đấu với 2 chiến thắng trước Slovakia, Israel và 2 thất bại trước Scotland. Dù 2 lần góp mặt ở đội tuyển quốc gia nhưng Flip Nguyễn vẫn chưa có cơ hội ra sân thi đấu.
Tại Europa League trong màu áo câu lạc bộ Slovan Liberec, Filip Nguyễn cùng các đồng đội có chiến thắng 1-0 trước Gent FC nhưng lại thua đậm 1-5 trước Crvena Zvezda. Dù vậy, thủ môn gốc Việt đã có những màn trình diễn ấn tượng nhiều lần cứu thua cho đội nhà.