Với phong độ ấn tượng trong thời gian dài, Filip Nguyễn hiển nhiên được bắt chính khi Slovan Liberec làm khách của FK Riteriai (Litva) tại vòng loại thứ hai UEFA Europa League. Đây là lần đầu tiên thủ thành sinh năm 1992 ra sân ở đấu trường châu Âu.
Đội bóng của Filip Nguyễn khởi đầu thuận lợi khi dẫn 2-0 sau 20 phút đầu tiên. Dù bị rút ngắn tỷ số xuống còn 2-1 ở phút 61 nhưng 3 bàn thắng chỉ trong chưa đến 10 phút cuối trận đã giúp Slovan Liberec kết thúc trận đấu với thắng lợi 5-1.
Chiến thắng này giúp Slovan Liberec giành quyền vào vào vòng loại thứ 3 UEFA Europa League chạm tráng đối thủ Steaua Bucuresti đến từ Romania. Nếu vượt qua đại diện Romania, Slovan Liberec cần phải thắng thêm 1 trận nữa ở vòng play-off mới có thể bước vào vòng bảng Europa League.
Với việc giành chiến thắng trong lần đầu tiên ra sân ở UEFA Europa League, Filip Nguyễn đã gửi thông điệp khá mạnh mẽ đến huấn luyện viên Park Hang-seo. Mới đây nhất, Filip Nguyễn đã “xin” không ra sân cho đội tuyển Công Hòa Czech tại UEFA Nations League để tiếp tục nuôi hy vọng được khoác áo đội tuyển Việt Nam.
Thủ tục nhập quốc tịch Việt Nam của thủ thành 28 tuổi đang ở những giai đoạn cuối. Nêu tình hình dịch Covid-19 được kiểm soát tốt, anh có thể về Việt Nam để hoàn tất hồ sơ và chính thức trở thành công dân Việt Nam. Tuy nhiên, cơ hội Filip Nguyễn được triệu tập lên tuyển Việt Nam cũng không khả quan hơn, một phần vì những rào cản từ quy định của FIFA cũng như tuyên bố của anh và bố trước đó.