Công Phượng gây tranh cãi là bởi hình ảnh phản cảm khi ném chai nước về phía sau qua đầu trọng tài Nguyễn Viết Duẩn ở vòng 12 V.League 2021. Hành vi này chỉ bị nhắc nhở mà không có thêm thẻ phạt nào được đưa ra.
Thậm chí, Ban điều hành các giải chuyên nghiệp quốc gia 2021 cũng không gửi hồ sơ trường hợp này sang cho Ban kỷ luật VFF. Vì thế cho đến thời điểm hiện tại, Công Phượng không nhận thêm án phạt bổ dung nào.
Sau khi xem lại video, nhiều ý kiến cho rằng, trong trường hợp này, Công Phượng xứng đáng nhận thêm thẻ phạt từ trọng tài và án phạt bổ sung từ Ban kỷ luật VFF. Thậm chí, cực đoan và nghiêm trọng hoá vấn đề với đề nghị VFF nên cân nhắc việc đề xuất huấn luyện viên Park Hang-seo không triệu tập lên đội tuyển Việt Nam trong đợt tập trung tới.
Đội tuyển Việt Nam từng chứng kiến nhiều trường hợp bị loại khỏi đội hình sau khi nhận án phạt "nguội" từ VFF. Năm 2016, tiền đạo Văn Quyết dù đã có tên trong danh sách đội tuyển Việt Nam và đã lên tập trung nhưng phải ra về. Quyết "rừng" đã xô ngã trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh trong một trận đấu ở V.League. Anh nhận án phạt từ Ban kỷ luật VFF và sau đó bị loại khỏi đội tuyển.
Tương tự, trường hợp của trung vệ Đình Luật, do nhận án phạt của Ban kỷ luật VFF tại vòng 2 V.League 2016 nên cũng lỡ cơ hội tập trung cùng đội tuyển Việt Nam.
Huấn luyện viên đội tuyển Việt Nam lúc đó là Nguyễn Hữu Thắng đã đưa ra quan điểm khá gay gắt về vấn đề này. Bởi lẽ, việc đội tuyển Việt Nam mất đi Văn Quyết thời điểm đó rất thiệt thòi.
Trong cuộc gặp gỡ báo chí công khai, huấn luyện viên Hữu Thắng chia sẻ rằng: "Tôi rất mong những nhà chuyên môn nên chăng ngồi lại nhìn nhận những tình huống này xảy ra ở cấp độ câu lạc bộ và nó có ảnh hưởng đến đội tuyển quốc gia hay không? Văn Quyết phạm lỗi ở câu lạc bộ và giờ vô tình lại bị kỷ luật và làm yếu đội tuyển quốc gia".
Câu hỏi được đặt ra: Phải chăng hành vi của Công Phượng đang bị "bỏ quên" vì anh là 1 trong số những cầu thủ góp mặt ở danh sách đội tuyển Việt Nam? Nếu Công Phượng nhận án phạt bổ sung, anh có bị loại khỏi đội tuyển quốc gia như các trường hợp trước?
Xét trên vấn đề hình ảnh đội tuyển quốc gia, những cầu thủ đang trong thời gian nhận án kỷ luật không được tập trung đội tuyển quốc gia là điều cần thiết để nâng cao tính chuyên nghiệp của cầu thủ. Tuy nhiên, trong những trường hợp này, nếu dựa trên quy định kỷ luật thì cầu thủ nhận quyết định kỷ luật ở giải đấu nào thì chấp hành tại giải đấu đó.
Còn nếu xét theo góc độ chuyên môn đơn thuần, việc bỏ qua án phạt cho Công Phượng là sự thiếu công bằng. Hành vi của Công Phượng đáng lên án trong bối cảnh mà V.League 2021 đang quyết tâm loại bỏ những hình ảnh phi thể thao. Với một ngôi sao như Công Phượng lại càng ý thức hơn điều này. Nếu hành vi xấu xí của Công Phượng bị bỏ qua thì sẽ là thiếu công bằng với những cầu thủ khác.