Tiền vệ Lee Nguyễn từng thi đấu tại V.League giai đoạn 2009-2011 cho Hoàng Anh Gia Lai và Bình Dương. Anh từng có 9 bàn thắng, 12 đường kiến tạo sau 24 trận thi đấu cho đội bóng của bầu Đức nhưng do mâu thuẫn với Kiatisak nên chia tay. Sau khi chuyển sang Bình Dương, Lee Nguyễn cũng không thành công.
Một trong những nguyên nhân khiến Lee Nguyễn không hợp với V.League chính là vì phong cách chơi bóng bạo lực, va chạm và ít đất cho chuyên môn thể hiện. Tuy nhiên, Lee Nguyễn vẫn được đánh giá là một tài năng, có đẳng cấp cao hơn so với nhiều cầu thủ Việt Nam.
Lee Nguyễn đã nhập quốc tịch Việt Nam năm 2011. Anh từng được người hâm mộ kỳ vọng sẽ khoác áo đội tuyển Việt Nam. Ngay cả bố Lee Nguyễn là ông Nguyễn Văn Phẩm cũng từng bày tỏ quan điểm muốn con trai khoác áo đội tuyển Việt Nam.
Tuy nhiên, tiền vệ tài hoa này lại không đáp ứng đủ điều kiện để khoác màu áo đỏ khi đã thi đấu cho cả đội trẻ và đội tuyển quốc gia Mỹ. Năm 2005, Lee cùng U18 Mỹ dự giải trẻ Copa Chivas và U20 Mỹ thi đấu tại vòng chung kết U20 World Cup, sau đó là U20 Milk Cup. Đến tháng 5.2008, Lee Nguyễn cùng U23 Mỹ dự giải quốc tế Toulon.
Ở cấp độ đội tuyển quốc gia, tháng 6.2007 Lee được gọi vào tuyển Mỹ đá giao hữu với Trung Quốc, vào sân trong hiệp hai. Đến tháng 7.2007, Lee dự Copa America, thi đấu hiệp 2 trong 2 trận gặp Paraquay và Colombia. Đặc biệt, Lee Nguyễn thi đấu cho đội tuyển Mỹ khi chưa hoàn thành thủ tục nhập quốc tịch Việt Nam.
Theo quy chế của FIFA, một cầu thủ mang 2 quốc tịch như Lee Nguyễn không được thi đấu cho 2 đội tuyển quốc gia mà chỉ được chọn một.
Năm 2015, trong lần trở lại Việt Nam, Lee Nguyễn từng chia sẻ rằng: "Thật sự tôi rất tiếc khi không được khoác áo đội tuyển Việt Nam, bởi tôi rất mong muốn điều này. Đáng tiếc tôi đã thi đấu cho đội tuyển Mỹ nên đó là điều kiện ràng buộc khiến tôi không thể khoác áo Việt Nam".
Lee Nguyễn từng có thời gian thành công tại Mỹ khi thi đấu cho New England Revolution mùa 2014-2015, đóng góp 20 bàn thắng và giúp đội bóng này đoạt ngôi Á quân MLS rồi được gọi vào đội tuyển quốc gia Mỹ.
Hiện tại, Lee Nguyễn đang đầu quân cho Inter Miami, đội bóng thuộc sở hữu của cựu danh thủ David Beckham với bản hợp đồng 2 năm. Câu lạc bộ TP.HCM đang mong muốn có được chữ ký của tiền vệ này trong mùa giải mới, tuy nhiên cả hai bên vẫn gặp nhiều trở ngại.