Thế nhưng, niềm vui chưa kịp trọn thì lừng lững nhiều trạm thu phí B.O.T lại mọc lên. Không chỉ dày đặc hơn trước, mà giá phí tăng bình quân đến mấy trăm phần trăm. Ví dụ đoạn ngắn quốc lộ trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế, đoạn từ Bắc hầm Hải Vân sau khi bỏ thu phí hầm Hải Vân thì sinh ra trạm thu phí hầm Phú Gia, Phước Tượng và trạm vào TP. Huế. Giá vé xe con từ 15.000 đồng lên 35.000 đồng mỗi lượt qua trạm. Chưa đầy 500 km từ Đà Nẵng vào đến Nha Trang (Khánh Hòa), cũng có đến 8 trạm thu phí, cùng hạng 35.000 đồng cho xe dưới 7 chỗ (trước đây bình quân 10-15 nghìn đồng).
Theo Nghị định số 18/2012/NĐ-CP về Quỹ bảo trì đường bộ thì từ tháng 6.2012, các loại ôtô sẽ phải đóng phí bảo trì đường bộ. Hiện mỗi đầu phương tiện nặng gánh thuế phí có thể kể đến như phí xăng dầu, phí bảo trì đường bộ, phí đường bộ tại các trạm thu phí, lệ phí đăng kiểm, phí bảo hiểm... Riêng đối với các loại xe mới, doanh nghiệp còn phải chịu thêm rất nhiều tiền thuế và phí như thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế nhập khẩu, thuế VAT, thuế bảo vệ môi trường, phí trước bạ...
Ông Nguyễn Văn Thanh - Chủ tịch Hiệp hội Vận tải ô tô Việt Nam - cho rằng, cần giảm phí bảo trì đường bộ cho xe đi tuyến cố định trên đường BOT để không bị chồng phí. Về nguyên tắc, đã đóng phí bảo trì đường bộ qua đầu phương tiện hàng tháng, khi lưu thông qua các trạm thu phí thì không phải đóng phí nữa. Bởi lẽ, khi doanh nghiệp đầu tư dự án đường BOT và thu phí, trong mức thu phí đường BOT đã bao gồm cả phí bảo trì, bảo dưỡng tuyến đường… Trong thời gian thu phí hoàn vốn, chủ đầu tư dự án đường BOT có trách nhiệm bảo trì tuyến đường.
Hiện nay trên các tuyến quốc lộ chỉ còn các trạm thu phí BOT. Doanh nghiệp đầu tư tính toán vị trí đặt trạm sao cho thu được nhiều nhất mà ít nghĩ đến lợi hại cho cư dân địa phương và các doanh nghiệp phải oằn lưng cõng phí. Một số tỉnh phía Bắc đã xảy ra phản ứng tập thể của người dân, thì doanh nghiệp và chính quyền địa phương mới chịu… lùi bước. Xét cho cùng, “trời mưa, đất chịu”. Phí lưu thông trên các tuyến quốc, tỉnh lộ hiện nay, nói là thu trực tiếp từ doanh nghiệp vận tải, nhưng thực tế, tất cả chi phí phát sinh đều phải đưa vào giá thành sản phẩm và người dân cuối cùng phải gánh chịu tất cả các khoản chi phí này. Phải chăng người dân thì không biết kêu vào đâu, nên cứ vậy mà tha hồ nén?