Đại hội đại biểu Công đoàn Cơ quan Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn lần thứ V, nhiệm kỳ 2016 - 2021 được tổ chức ngày 29.6.2016. Tính đến 30.10.2021 tổ chức Công đoàn trực thuộc Công đoàn Cơ quan Bộ là 34 đơn vị, trong đó có 24 Công đoàn cơ sở và 10 Công đoàn bộ phận. 

Tổng số đoàn viên công đoàn là: 3.771/3.804 công chức, viên chức, người lao động. Trong đó nữ là 1.522 người (chiếm 40,40%). Tỉ lệ đoàn viên Công đoàn trực thuộc Công đoàn Cơ quan Bộ so với tổng số cán bộ công chức, viên chức, người lao động của các cơ quan, đơn vị trong khối Cơ quan Bộ là 99,13%. 

Trong nhiệm kỳ 2016- 2021, Công đoàn Cơ quan Bộ đã bám sát định hướng phát triển của Bộ, Ngành và đường lối, chủ trương chính sách của Đảng, Nhà nước, trực tiếp là sự chỉ đạo của Đảng uỷ Bộ, Ban Thường vụ Công đoàn Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam. 

Công đoàn các cấp trong khối Cơ quan Bộ đã tham gia và vận động đoàn viên hưởng ứng tích cực những chương trình lớn của Bộ như Cơ cấu lại ngành nông nghiệp, chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới, đẩy mạnh thực hiện chương trình cải cách hành chính, thực hành tiết kiệm chống lãng phí, phòng, chống tham nhũng, lãng phí; học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh; tích cực tham gia cuộc vận động xây dựng đời sống văn hoá công sở, giữ gìn, xây dựng đoàn kết nội bộ và thực hiện quy chế dân chủ cơ sở…

Nhiệm vụ giai đoạn 2022- 2023 được Công đoàn Cơ quan Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn xây dựng với các mục tiêu: Đẩy mạnh và đổi mới công tác tuyên truyền giáo dục, vận động cán bộ, đoàn viên Công đoàn Cơ quan Bộ đoàn kết nhất trí, thi đua hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, góp phần hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị của Bộ, ngành cũng như thực hiện những mục tiêu kinh tế, xã hội 5 năm 2021-2025 về Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Tích cực tham gia quản lý cơ quan đơn vị, phát huy dân chủ cơ sở, xây dựng môi trường văn hóa công sở ngày càng hiệu quả và thân thiện; quan tâm làm tốt hơn nữa công tác chăm lo đời sống vật chất và tinh thần, cải thiện điều kiện làm việc cho cán bộ, đoàn viên Công đoàn, bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng, hợp pháp của người lao động theo quy định. Tiếp tục xây dựng tổ chức công đoàn cơ sở vững mạnh, công tác phát triển đoàn viên, công tác kiểm tra Công đoàn…

Không ngừng nâng cao trình độ chính trị, chuyên môn nghiệp vụ cho cán bộ, đoàn viên, tích cực chủ động trong thực hiện cải cách hành chính, đẩy mạnh thực hiện quy chế dân chủ, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, phòng chống tham nhũng.