Đại hội có nhiệm vụ kiểm điểm, đánh giá khách quan, toàn diện những kết quả đạt được, những hạn chế còn tồn tại. Đồng thời, rút ra những bài học kinh nghiệm trong việc thực hiện Nghị quyết Đại hội XX Công đoàn Viện Hàn lâm; xác định mục tiêu, chỉ tiêu, phương hướng nhiệm vụ của tổ chức Công đoàn Viện Hàn lâm trong 5 năm tới (2023-2028);
Kiểm điểm sự lãnh đạo của Ban Chấp hành Công đoàn Viện Hàn lâm, đánh giá thực hiện Nghị quyết Đại hội đại biểu Công đoàn Viện Hàn lâm lần thứ XX nhiệm kỳ 2017-2022 (kéo dài 2023); Chương trình thực hiện Nghị quyết Đại hội Công đoàn Viện Hàn lâm lần thứ XXI, bầu Ban Chấp hành Công đoàn Viện Hàn lâm khóa XXI nhiệm kỳ 2023-2028.
Theo đó, tại Phiên thứ nhất, Đại hội đã thông qua Chương trình và quy chế của Đại hội, bầu Đoàn Chủ tịch, đoàn thư ký, bầu Ban thẩm tra tư cách đại biểu; Báo cáo Kết quả thẩm tra tư cách đại biểu; Báo cáo tóm tắt kiểm điểm của Ban chấp hành Công đoàn Viện Hàn lâm khóa XX; Báo cáo tóm tắt tổng hợp ý kiến đóng góp sửa đổi Điều lệ Công đoàn Việt Nam và Báo cáo chính trị Công đoàn Viên chức Việt Nam.
Tại Phiên thứ hai, Đại hội đã dân chủ thảo luận và nhất trí thông qua báo cáo của Ban Chấp hành Công đoàn Viện Hàn lâm khóa XX, nhiệm kỳ 2017-2022 (kéo dài đến năm 2023) về đánh giá kết quả hoạt động, phương hướng, nhiệm vụ nhiệm kỳ 2023 – 2028.
Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành Công đoàn Viện Hàn lâm khóa XXI, nhiệm kỳ 2023 - 2028 gồm 15 đồng chí có đủ tiêu chuẩn, phẩm chất, tiêu biểu cho viên chức, người lao động, đoàn viên công đoàn Viện Hàn lâm và bầu đoàn đại biểu đi dự Đại hội VI Công đoàn Viên chức Việt Nam nhiệm kỳ 2023-2028.
Chia sẻ niềm vui cùng Đại hội, ông Phan Chí Hiếu - Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam đã nhiệt liệt biểu dương tinh thần làm việc khoa học đầy nghiêm túc, khẩn trương của Đại hội. Khẳng định các kết quả đạt được của Ban Chấp hành Công đoàn nhiệm kỳ 2017-2022 (kéo dài đến 2023) đã thể hiện ý chí và nguyện vọng của hơn 1.600 công đoàn viên trong toàn Viện Hàn lâm; thể hiện ý chí vươn lên, vượt qua mọi khó khăn để khẳng định tổ chức Công đoàn luôn làm tốt vai trò là đại diện bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của đoàn viên, viên chức và người lao động.
Tại Đại hội, Công đoàn Viện Hàn lâm tri ân các đồng chí thôi không tham gia Ban Chấp hành, Ủy ban Kiểm tra Công đoàn Viện Hàn lâm nhiệm kỳ 2023 – 2028; Công đoàn Viên chức Việt Nam trao bằng khen cho Công đoàn Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam và 4 cá nhân.