Ban Chỉ đạo Trung ương có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc liên quan đến quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2016-2020.

Nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ ban hành các cơ chế, chính sách có liên quan để thực hiện mục tiêu xây dựng nông thôn mới và mục tiêu giảm nghèo bền vững; nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp thực hiện các mục tiêu của Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới và Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững; giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối hoạt động giữa các bộ, ngành, cơ quan trung ương và các địa phương trong việc triển khai, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành cơ quan trung ương và các địa phương trong việc xây dựng, hoàn thiện và hướng dẫn cơ chế, chính sách liên quan đến quản lý, điều hành các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2016-2020; kiểm tra, giám sát, đánh giá, sơ kết, tổng kết, khen thưởng trong quá trình thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.