Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đã chỉ rõ những bất cập, hạn chế trong công tác quản lý, sử dụng đất đai; những hạn chế trong hoạt động sản xuất, kinh doanh và đầu tư của doanh nghiệp nhà nước.
Diện tích, số lượng cơ sở đất mà các tập đoàn (TĐ), tổng công ty (TCTy) và doanh nghiệp nhà nước (DNNN) được giao rất lớn song chưa được bản thân doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý chặt chẽ; nhiều diện tích đất chưa sử dụng. TCTy Khánh Việt có tới 286 ha bị bỏ phí; PVFCCo 24,39 ha; Sawaco 18,92 ha; Tập đoàn VNPT không sử dụng 7,01 ha; VNPost 1,92 ha; VNS 1,63ha; Samco 0,21 ha; Vinapharm 2 lô đất tại KCN Hòa Minh, Liên Chiểu, Đà Nẵng; Một số lô đất mua từ giai đoạn 2011-2012 của PVN đến nay vẫn chưa được sử dụng.
Nhiều doanh nghiệp sử dụng đất không hiệu quả sử dụng không đúng mục đích, bị lấn chiếm, tranh chấp, chưa được ký hợp đồng thuê đất hoặc có đầy đủ hồ sơ pháp lý. Công ty mẹ - Satra có 2 khu đất đã được UBND TP. Hồ Chí Minh chấp thuận chủ trương đầu tư từ nhiều năm trước nhưng chậm triển khai thực hiện.
37 địa chỉ nhà đất kinh doanh của Công ty Đầu tư Tài chính nhà nước TP. Hồ Chí Minh trống, chưa cho thuê. Dự án Trung tâm thương mại The Green River hiện đang tạm dừng đầu tư do mật độ dân cư hiện nay thấp. Viglacera 353,7 ha đã giải phóng xong mặt bằng nhưng chưa cho thuê được.
Nhiều đơn vị chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính với ngân sách nhà nước, trong đó có Tổng công ty Dầu Việt Nam của Tập đoàn PVN, các chi nhánh của VNPT bao gồm VNPT TP.Hồ Chí Minh, VNPT Lâm Đồng, VNPT Gia Lai, VNPT Đắk Lắk...
KTNN cũng chỉ ra rằng các doanh nghiệp tính tiền sử dụng đất phải nộp của dự án bất động sản chưa đúng quy định. Điển hình như Dự án UDIC Westlake, giá cho thuê đối với diện tích thương mại và tầng hầm để xe cố định trong 50 năm không phù hợp quy định tại khoản 2 Điều 6 Thông tư số 36/2014/TT-BTNMT của Bộ TN&MT.
Ngoài ra, KTNN đã kiểm toán báo cáo tài chính và các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn nhà nước năm 2017 của 253 DN thuộc 31 tập đoàn, tổng công ty và công ty nhà nước. Phần lớn các TĐ, TCTy và công ty nhà nước còn sai sót trong việc hạch toán kế toán, kê khai nghĩa vụ với NSNN nên qua kiểm toán phải điều chỉnh tăng, giảm tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí, kiến nghị tăng thu NSNN 10.896 tỉ đồng và 336.999USD.