Dù quá trình phát triển nông nghiệp theo con đường vô cơ đã mang lại nhiều lợi ích cho người dân và quốc gia, nhưng nó cũng bộc lộ nhiều nhược điểm là môi trường bị ảnh hưởng, sức khỏe con người bị giảm sút, do bị lạm dụng một số phân hoá học, nhất là phân đạm, sử dụng các loại thuốc hoá học không tuân thủ theo quy định 4 đúng, nông sản làm ra không an toàn cho người sử dụng, đất lâu ngày sẽ bị thoái hoá mất đi độ phì nhiêu.

Vì những lẽ đó, một số nước phát triển trên thế giới đang từng bước chuyển qua nền nông nghiệp hữu cơ và Việt Nam cũng từng bước theo xu thế đó, bởi phát triển nông nghiệp hữu cơ sẽ có lợi cho môi trường, đất đai, cây trồng, gia súc, con người và cả cộng đồng, làm cho hệ sinh thái được bền vững.

Dù nông nghiệp hữu cơ rất quan trọng nhưng ở Việt Nam chưa thể thay thế hoàn toàn cho nông nghiệp hoá học được vì nhiều lý do như người đông, đất hẹp, cần nhiều lương thực để phục vụ cho người dân. Do đó, muốn phát triển nông nghiệp hữu cơ cần có một lộ trình, có quy hoạch, đề án, chính sách, nghị định và các hướng dẫn cụ thể từ các cơ quan quản lý. Trước mắt, khắc phục tối đa những nhược điểm của sản xuất bằng con đường hoá học, chuyển từng bước theo sản xuất nông sản sạch và an toàn theo phương pháp GAP các loại, sản xuất theo hướng này vừa đảm bảo được sản lượng và giá cả phục vụ cho cộng đồng, sử dụng các chế phẩm làm tăng giá trị gia tăng của phân hoá học để giảm lượng bón, số lần bón làm cho môi trường không bị ảnh hưởng, bón thêm các loại phân khoáng hữu cơ để cải tạo đất, giảm các loại thuốc hoá học chuyển sang sử dụng các chế phẩm sinh học để tạo tiền đề hướng tới nền sản xuất nông nghiệp hữu cơ.

Sản xuất nông nghiệp hữu cơ là một xu thế của thế giới, tuy nhiên thực hiện được điều này bà con phải hội tụ nhiều yếu tố, như đất, nguồn nước, môi trường, giống... Do đó, bà con phải có sự chuẩn bị tốt thì sản xuất nông nghiệp hữu cơ mới thành công.