Theo báo cáo nhanh của Ban chỉ đạo thi THPT Quốc gia 2016 trong ngày thi thứ hai, có tổng số 136 thí sinh vi phạm kỷ luật. Trong đó có 2 trường hợp bị khiển trách, 3 trường hợp bị cảnh cáo và 131 trường hợp bị đình chỉ thi. Nguyên nhân chủ yếu là do các thí sinh mang điện thoại di động vào phòng thi. Một số trường hợp khác có phát hiện sử dụng tài liệu, trao đổi trong khi thi.

 Một số trường hợp đặc biệt  như thí sinh khiếm thị, thí sinh không thể viết được, thí sinh thiếu giấy tờ …đã được các Hội đồng thi xử lý theo Quy chế và tạo điều kiện để các thí sinh dự thi. Tỉ lệ số thí sinh tham dự ngày thi thứ 2 khá cao. Cụ thể trong ngày thi này môn Ngữ văn có tổng số thí sinh tham dự 839.165/842.574 thí sinh đã đăng ký (đạt tỉ lệ 99.60%). Môn Vật lý tỉ lệ này thấp hơn một chút, tổng số thí sinh tham dự là 362.957/367.752 thí sinh đăng ký dự thi (đạt tỉ lệ 98.70%).

Theo đánh giá của Ban chỉ đạo kỳ thi THPT Quốc gia 2016, ngày thi thứ hai với 2 môn Ngữ Văn và Vật lý về cơ bản diễn ra an toàn, nghiêm túc, đúng quy chế.

Ghi nhận của Lao Động một số điểm thi ở Hà Nội trong buổi sáng cùng ngày, thời tiết khá mát mẻ, tình hình giao thông ở các thành phố lớn thông suốt, trong thời gian thí sinh đi thi. Thời điểm cuối buổi chiều, một vài cụm thi có mưa rào nhẹ khiến nhiều phụ huynh phải đội mưa đợi con đi thi. Nhiều tình nguyện viên đã rất nỗ lực để hoàn thành tốt nhiệm vụ.

Nhiều thí sinh và giáo viên đánh giá đề thi hai môn Ngữ Văn và Vật lý trong ngày thi thứ 2 này có độ phân loại khá cao.