Trong văn bản, UBND yêu cầu trường phải báo cáo đề án tuyển sinh và phương án tài chính năm học 2017 – 2018 trước khi khai giảng năm học mới. Việc này nhằm đảm bảo việc tuyển sinh, giảng dạy đúng quy định và đạt hiệu quả cao nhất.
Ngoài ra, trường phải khẩn trương xây dựng đề án tuyển sinh năm học 2018 – 2019 phù hợp với mục tiêu, nhiệm vụ, trong đó chú trọng đào tạo cán bộ y tế cho thành phố. Trường hợp muốn mở rộng tuyển sinh trong cả nước cần chuẩn bị phương án tự chủ về tài chính, nâng cao năng lực, chất lượng giảng viên và cơ sở vật chất của trường. Sau khi đề án này hoàn chỉnh cần báo cáo cho thành phố xem xét trước khi đăng ký với Bộ GDĐT.
Văn bản cũng yêu cầu trường đánh giá khách quan, tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm cá nhân, tập thể đối với việc tuyển sinh năm 2017. Việc này phải hoàn thành trước ngày 10.7 tới. Thành phố cho rằng trường đã trình Bộ GDĐT để công bố rộng rãi việc thay đổi đối tượng tuyển sinh khi chưa báo cáo và được thành phố đồng ý. Thành phố cũng giao Sở Nội vụ phối hợp với trường để đề xuất những nội dung cần thay đổi cho phù hợp với tình hình hiện nay.
Từ nhiều năm trước đây, Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch chỉ tuyển thí sinh có hộ khẩu TPHCM. Cho đến mùa tuyển sinh năm 2017, trong buổi làm việc ngày 22.2, ông Đinh La Thăng (lúc đó là Bí thư Thành ủy TPHCM) đã chỉ đạo trường thay đổi khu vực tuyển sinh, nên tuyển sinh toàn quốc để mở rộng cơ hội học tập cho thí sinh ở tỉnh. Sau buổi làm việc, trường đã gửi công văn xin ý kiến chỉ đạo của UBND TPHCM về vấn đề tuyển sinh toàn quốc. Tiếp đó, trường nhận được kết luận của Văn phòng Thành uỷ TPHCM ghi rõ “chấm dứt áp dụng cơ chế tuyển sinh theo hộ khẩu thành phố, thực hiện tuyển sinh đầu vào đối với học sinh cả nước… áp dụng từ năm học 2017 – 2018”. Vì ngày 20.3 là hạn chót cung cấp thông tin tuyển sinh 2017, nên trường đã đăng thông tin tuyển sinh toàn quốc dù chưa nhận được văn bản chỉ đạo của UBND TPHCM. 3 tháng sau, UBND TPHCM gửi công văn “chưa cho phép Trường ĐH Y Phạm Ngọc Thạch mở rộng đối tượng tuyển sinh năm học 2017 - 2018 và vẫn tuyển sinh như những năm trước đây”.
Sau khi nhận được công văn, trường ra thông báo chỉ tuyển thí sinh có hộ khẩu TPHCM. Việc này khiến cho 12.000 thí sinh tỉnh ngoài trong số hơn 16.000 hồ sơ đăng ký vào trường sẽ phải thay đổi nguyện vọng. Ngay sau đó, Bộ GDĐT đã yêu cầu nhà trường thực hiện đúng quy chế tuyển sinh và đúng các nội dung trong đề án đã công bố. Vì thời điểm đó thí sinh đã hoàn thành đăng ký dự thi, đăng ký xét tuyển và ngày thi đã tới gần. Đứng trước 2 chỉ đạo tuyển sinh trái ngược nhau, 1 của Bộ GDĐT, 1 của UBND TPHCM, trường phải gửi công văn tới UBND TP để xin chỉ đạo gấp.
Ngày 11.6, Thành ủy, UBND và Hội đồng nhân dân TPHCM đã họp với ban giám hiệu nhà trường và kết luận việc mở rộng tuyển sinh như vừa qua là chưa đảm bảo chặt chẽ. Nhưng để đảm bảo quyền lợi của các thí sinh, trước mắt lãnh đạo thành phố chấp nhận cho tất cả thí sinh có hộ khẩu ngoài TPHCM đã đăng ký được dự thi vào trường năm nay.