Theo đại diện Tập đoàn Cienco 4 việc xin tăng mức thu phí tại 2 trạm này để đảm bảo chi trả phần lớn các khoản chi cho dự án như chi phí bảo trì, vận hành, quản lý thu phí, chi trả nợ gốc, lãi vay cho ngân hàng theo hợp đồng tín dụng đã ký và không bị mất cân đối quá lớn nguồn vốn. Hiện, Tập đoàn Cienco 4 đang thực hiện thu phí theo mức phí quy định tại Thông tư số 51/TT-BTC ngày 24/4/2014, Thông tư số 255/2016/TT-BTC ngày 11.11.2016 của Bộ Tài chính và giảm phí 100% cho các phương tiện loại 1 và 2 của chủ sở hữu thuộc địa bàn 4 huyện lân cận trạm thu phí (TP. Vinh, Nghi Xuân, Thị xã Hồng Lĩnh, Hưng Nguyên).
Cụ thể, xe dưới 12 chỗ ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn; các loại xe buýt vận tải khách công cộng có mức phí đang thực hiện là 40.000 đồng/lượt sẽ được điều chỉnh tăng lên 47.000 đồng/lượt; xe từ 12-30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn mức phí 89.000 đồng/lượt (mức cũ là 75.000 đồng/lượt); xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn, xe chở hàng bằng container 20feet sẽ áp dụng mức phí lên tới 142.000 đồng/lượt (mức đang thu hiện nay là 120.000 đồng/lượt); Xe có tải trọng từ 18 tấn trở lên, xe chở hàng bằng container 40feet có mức phí 212.000 đồng tăng thêm 32.000 đồng so với mức cũ là 180.000 đồng/lượt.
Cienco 4 là nhà đầu tư dự án đường tránh Vinh theo hình thức BOT với chiều dài 25,8km từ Bắc thị trấn Quán Hành (Km 448+800) đến cầu Bến Thủy cũ (Km 467+056, Quốc lộ 1) vào năm 2003 với tổng mức đầu tư 378 tỉ đồng và được Bộ GTVT chấp thuận để nhà đầu tư sử dụng trạm thu phí Bến Thủy cũ (nay là trạm Bến Thủy 1) để thu phí hoàn vốn thay vì xây trạm thu phí mới trên tuyến tránh Vinh.
Sau khi Cienco 4 tăng phí, tháng 1.2016, tỉnh Nghệ Anh và Hà Tĩnh lần lượt đã có văn bản gửi các các cơ quan, ban ngành đề nghị xem xét giảm giá vé cho các phương tiện và nhân dân trong vùng thường xuyên đi qua 2 trạm thu cầu Bến Thuỷ 1 và 2. Cienco 4 đồng ý giảm thông qua hình thức vé tháng và quý song vài tháng sau thì dừng hỗ trợ. Điều này khiến nhiều người dân bức xúc, căng băng rôn, dàn xe phản đối việc thu phí tại BOT Bến Thuỷ suốt nhiều tháng qua. Sau đó. Bộ GTVT đã họp với 2 tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh cùng Cienco 4, đi đến quyết định miễn phí 100% cho người dân địa phương tại hai bên cầu.