Hệ thống thu phí tự động không dừng tại các trạm thu phí BOT do Bộ Giao thông vận tải quản lý được chia làm 2 giai đoạn. Trong đó, giai đoạn 1 có tổng số 44 trạm, bao gồm 26 trạm trên quốc lộ 1, đường Hồ Chí Minh qua Tây Nguyên và 18 trạm trên các tuyến cao tốc và các quốc lộ khác được bổ sung vào dự án.
Đến nay đã lắp đặt vận hành 25 trong số 26 trạm trên quốc lộ 1, đường Hồ Chí Minh qua Tây Nguyên và 13 trạm trên các tuyến quốc lộ khác. Riêng 5 tuyến đường cao tốc do Tổng công ty Đầu tư và phát triển đường cao tốc Việt Nam quản lý chỉ có 1 tuyến cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình đang lắp đặt thiết bị thu phí không dừng tại 15 làn thu phí, dự kiến vận hành trong năm 2019.
Hiện còn 4 tuyến chưa thể triển khai, do vướng mắc về nguồn vốn đầu tư ký kết vay vốn các dự án đã hết thời hạn, không thể hoàn thành trong năm 2019. Cùng đó, mới đây Công ty TNHH thu phí tự động VETC đề xuất dừng triển khai dự án để chuyển giao cho nhà đầu tư khác hoặc Nhà nước nhận lại dự án. Nhưng đã không được Bộ Giao thông vận tải chấp và yêu cầu phải từng bước tháo gỡ khó khăn.
Tại giai đoạn 2 được thực hiện ở 33 trạm thu phí gồm: 10 trạm trên quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên và 23 trạm trạm trên các tuyến cao tốc và các quốc lộ khác. Thông qua đấu thầu, liên danh là Tập đoàn Công nghiệp - viễn thông quân đội (Viettel), Công ty cổ phần Vietinf, Công ty cổ phần thương mại dịch vụ viễn thông Việt Vương, Công ty cổ phần công nghệ Tiên Phong (VietinF) đã trúng thầu và là nhà đầu tư thực hiện dự án từ tháng 5.2019. Nhưng đến nay liên danh này vẫn chưa hoàn thiện thành lập doanh nghiệp dự án theo quy định.
Ngoài ra, còn có 19 trạm thu phí trên quốc lộ và 2 tuyến cao tốc do 14 địa phương quản lý đến nay mới có 6 địa phương tham giao vào dự án thu phí tự động không dừng và 8 địa phương vẫn đang nghiên cứu để triển khai thực hiện...
Qua đó, Bộ Giao thông vận tải kiến nghị Thủ tướng gia hạn thực hiện thu phí không dừng tại các trạm thu phí giai đoạn 2 và các trạm thu phí tại giai đoạn 1 thuộc các tuyến cao tốc do VEC quản lý sang năm 2020 do chậm tiến độ bởi các nguyên nhân khách quan. Đồng thời chấp nhận đề xuất của Bộ Quốc phòng về việc cho phép Viettel được thành lập doanh nghiệp dự án, làm cơ sở triển khai dự án thu phí không dừng giai đoạn 2.