Trong chính văn bản gửi 3 bộ Xây dựng, Giao thông Vận tải và Văn hoá Thể thao và Du lịch, UBND TP. Hà Nội thừa nhận đồ án Quy hoạch phân khu đô thị Khu vực ga Hà Nội và phụ cận đề xuất các nội dung liên quan lĩnh vực quản lý của 3 bộ trên như chiều cao công trình xây dựng, dân số quy hoạch và một số nội dung trong đó vượt quá các khung quy hoạch đã khống chế, quy định trong các quy chế có liên quan.
Cụ thể, theo định hướng quy hoạch chung xây dựng Thủ đô và Quy chế quản lý quy hoạch kiến trúc công trình cao tầng trong khu vực nội đô lịch sử TP. Hà Nội, thành phố không cho phép xây dựng công trình mới có nhà ở cao tầng.
Tuy nhiên, trong đồ án, UBND TP. Hà Nội lại kiến nghị xây dựng các công trình cao tầng mới với chiều cao tối đa lên tới 200m tại khu vực phía Tây Bắc hồ Linh Quang, thuộc khu vực nội đô lịch sử, gần với di tích quốc gia cấp đặc biệt Văn Miếu – Quốc tử Giám.
Việc xây hàng loạt cao ốc ở khu vực trung tâm này còn làm tăng quy mô dân số khu vực nội đô lịch sử trong đồ án quy hoạch chung xây dựng Thủ đô đã được Thủ tướng chính phủ phê duyệt từ 800.000 người lên thành 824.000 người. Và thực tế, các chuyên gia dự đoán, quy mô dân số còn tăng cao hơn nhiều nếu khu vực này được cao ốc hoá và trở thành một dạng như khu đô thị cao cấp.
Ngoài ra, đề án cũng đã thay đổi hướng tuyến phố Quốc Tử Giám kéo dài kết nối với phố Lý Thường Kiệt so với đồ án quy hoạch giao thông vận tải Thủ đô được Thủ tướng phê duyệt.
Các chuyên gia nhận định việc triển khai đồ án không chỉ “xé rào” đổi quy hoạch đã được phê duyệt mà còn phá vỡ cảnh quan, ảnh hưởng nghiêm trọng tới khu di tích quốc gia đặc biệt quan trọng Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
Bên cạnh đó, câu chuyện quanh đồ án này dường như còn ẩn chứa những lợi ích nhóm bởi việc cao ốc hoá khu đất vàng này sẽ mang lại siêu lợi nhuận cho các đơn vị tham gia.