Nội dung chính của đề án là tiếp tục cơ cấu lại hệ thống các tổ chức tín dụng gắn với trọng tâm là xử lý căn bản, triệt để nợ xấu và các tổ chức tín dụng yếu kém bằng các hình thức phù hợp với cơ chế thị trường trên nguyên tắc thận trọng, bảo đảm quyền lợi của người gửi tiền và giữ vững sự ổn định, an toàn hệ thống; giảm số lượng tổ chức tín dụng yếu kém để có số lượng các tổ chức tín dụng phù hợp, có quy mô và uy tín, hoạt động lành mạnh, bảo đảm tính thanh khoản. 

Đặc biệt, các ngân hàng thương mại do Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ đóng vai trò là lực lượng chủ lực, chủ đạo về quy mô, về thị phần, về khả năng điều tiết thị trường; đi đầu trong việc áp dụng công nghệ ngân hàng hiện đại, năng lực quản trị tiên tiến, hiệu quả kinh doanh cao, an toàn trong hoạt động, chủ động hội nhập quốc tế; tích cực tham gia cơ cấu lại các tổ chức tín dụng yếu kém theo chỉ đạo của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; thực hiện kinh doanh theo cơ chế thị trường và tuân thủ quy định pháp luật.