Tại văn bản báo cáo Chính phủ số 2806/BCT-XNK ngày 20.4.2020, giải thích về ý kiến của Bộ Tài Chính lý do vì sao Bộ Công Thương điều hành xuất khẩu gạo theo phương thức FCFS mà không đấu thầu hay phân bổ hạn ngạch, Bộ Công Thương cho rằng:

Tất cả các phương thức điều hành hạn ngạch đều có mặt thuận và mặt không thuận.

Trong bối cảnh phải áp dụng hạn ngạch để bảo đảm tuyệt đối an ninh lương thực, Bộ Công Thương đã đề xuất phương án điều hành hạn ngạch mà theo Bộ Công Thương là tương đối công bằng, có tính công khai, minh bạch, dễ thực hiện, dễ giám sát, khó phát sinh các rủi ro về đạo đức cũng như tham nhũng, lợi ích nhóm...

Theo lý giải của Bộ Công Thương, đấu thầu hạn ngạch cần có thời gian để tổ chức và sẽ mất ít nhất 15-20 ngày để xây dựng quy chế, làm hồ sơ và thực hiện các thủ tục thẩm định hồ sơ, tổ chức đấu thầu theo quy định của pháp luật. Như vậy là trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 2827/VPCP-KTTH về việc phải "giảm thiểu việc gián đoạn chuỗi sản xuất lúa gạo".

"Đấu thầu hạn ngạch sẽ dẫn đến việc các doanh nghiệp lớn, có tiềm lực tài chính, trúng toàn bộ hạn ngạch, tước đi cơ hội của các doanh nghiệp nhỏ. Không loại trừ khả năng xuất hiện tình trạng bán lại hạn ngạch trúng thầu cho các doanh nghiệp nhỏ thông qua các hợp đồng "nhận ủy thác" để ăn chênh lệch như đã từng xảy ra trước đây" - Văn bản báo cáo Thủ tướng của Bộ Công Thương nhấn mạnh.

Theo lý giải của Bộ Công Thương, việc phân bổ hạn ngạch cũng không khả thi bởi kinh nghiệm điều hành cho thấy sẽ mất hàng tháng để xây dựng tiêu chí phân bổ sao cho "công bằng" và xin ý kiến các bên liên quan để thống nhất thực thi. Nếu có ý kiến khác nhau phải trình lại Thủ tướng Chính phủ cho ý kiến chỉ đạo.

Tiến trình này không chỉ trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 2827/VPCP-KTTH về việc phải "giảm thiểu việc gián đoạn chuỗi sản xuất lúa gạo" mà còn thiết lập trở lại cơ chế xin - cho, rất nhiều rủi ro đạo đức đã được xóa bỏ theo kiến nghị kiên trì nhiều năm của cộng đồng doanh nghiệp.