Theo đó, qua 5 ngày kiểm tra hồ sơ thu phí đã cho ra kết quả số thu phí tương ứng với khoản thu đã báo cáo của Tổng Công ty Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC). 

Trước sự nghi ngờ của dư luận là số tiền thu phí thực tế tại trạm Dầu Giây cao hơn số tiền mà VEC báo cáo, Đoàn kiểm tra của Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã vào cuộc kiểm tra hồ sơ thu phí từ ngày 28.1 - 8.2. 

Theo hồ sơ lưu tại trạm trong thời gian trên, trạm thu phí Dầu Giây thu được gần 13,3 tỉ đồng, trung bình 1 ngày đêm (3 ca) thu được 1,1 tỉ đồng. Trạm đã nộp vào tài khoản ngân hàng hơn 10,5 tỉ đồng, số tiền bị cướp ngày 7.2 là 2,22 tỉ đồng, tiền thu phí còn tồn quỹ 465,08 triệu đồng.

Theo Tổng cục Đường bộ, khi kiểm tra các giấy tờ liên quan cho thấy, chứng từ thu phí được lập đầy đủ theo quy định tại Quy trình tổ chức hoạt động thu phí đường cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây.

Tổng cục Đường bộ đã kiểm tra chứng từ liên quan đến số tiền thu phí bị cướp của 8 ca trực, từ ca 2 ngày 4.2 đến hết ca 3 ngày 6.2 là 2,55 tỉ đồng. Qua kiểm tra, cho thấy các chứng từ thu phí được lưu đầy đủ, các báo cáo thực hiện theo quy trình thu phí tại trạm. Tổng số tiền thu phí của trạm qua 8 ca này là hơn 2,55 tỉ đồng (bình quân 318,8 triệu đồng/ca).

Đoàn kiểm tra của Tổng cục Đường bộ đánh giá con số trên trùng khớp đúng với báo cáo của VEC trước đó. Quá trình kiểm tra, việc thực hiện công tác thu phí từ các khâu phát hành vé thẻ, thu phí, nộp tiền đến tổng hợp báo cáo tại trạm đều đảm bảo theo quy trình thu phí được duyệt.

Về dữ liệu thu phí, hình ảnh, thông tin xe qua trạm phù hợp với video được lưu. Số lượng, hình ảnh, video xe qua trạm trong các ngày từ 28.1 - 8.2 phù hợp với báo cáo doanh thu trong ngày.

Bên cạnh đó, danh sách xe qua kiểm đếm trực tiếp trong các bảng đếm xe ngày 21.2 phù hợp với dữ liệu lưu trữ trong phần mềm giám sát hậu kiểm. Số lượng xe đếm được, phân loại xe, mệnh giá thu trong công việc thực hiện đếm xe ngoài hiện trường khớp với số liệu của phần mềm giám sát hậu kiểm.

Tổng cục Đường bộ yêu cầu VEC đẩy nhanh tiến độ thu phí không dừng, báo cáo giải trình việc không sao lưu dữ liệu video đầy đủ, khắc phục ngay lỗi không đồng bộ thời gian giữa các video khu vực, thực hiện ngay việc công khai thông tin trên bảng điện tử.