Quy định về xử lý đối với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa căn cứ theo khoản 1, 2, 3, 4 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019 như sau:

1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp sẽ được bù trừ số tiền thuế còn nợ. Ngoài ra, sẽ được trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp thuế, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo. Hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

Khi người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ (trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ).

2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. Hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoàn trả trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu.

3. Không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử nếu:

Cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa bằng văn bản.

Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế (đã được cơ quan quản lý thuế thông báo về số tiền nộp thừa trên phương tiện thông tin đại chúng) mà sau 1 năm kể từ ngày thông báo, người nộp thuế không có phản hồi bằng văn bản yêu cầu hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với cơ quan quản lý thuế.

Hoặc khoản nộp thừa quá thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước mà người nộp thuế không bù trừ nghĩa vụ thuế và không hoàn thuế.

4. Trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh có tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và tiền còn nợ, cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền nợ.