Theo điều chỉnh, mở rộng quy hoạch chung xây dựng Khu Kinh tế Nghi Sơn, thì hệ thống Cảng biển Nghi Sơn gồm có 51 bến và khu bến (10 bến container, 21 bến tổng hợp, còn lại là các bến và khu bến chuyên dụng), hiện có 21 bến đã đi vào hoạt động. Cảng Nghi Sơn có khả năng đón tàu có trọng tải đến 70.000 DWT - 100.000 DWT, với năng lực xếp dỡ hàng trăm triệu tấn/năm.
Với tiềm năng, lợi thế cùng với các chính sách thu hút các hãng tàu và doanh nghiệp thực hiện vận chuyển hàng hóa qua Cảng Nghi Sơn, trong những năm gần đây, Cảng Nghi Sơn đã thu hút được các hãng tàu và doanh nghiệp thực hiện xuất nhập khẩu qua cảng với tỷ trọng hàng hóa thông qua cảng đạt khoảng hơn 41 triệu tấn/năm (năm 2020 là 41,8 triệu tấn; năm 2021 là 43,03 triệu tấn; năm 2022 là 41,31 triệu tấn), chiếm khoảng trên 50% tổng lượng hàng qua nhóm cảng biển số 2 (bằng cả cảng biển Nghệ An và Hà Tĩnh).
Với việc phát triển hệ thống cảng Nghi Sơn đã thúc đẩy thu hút đầu tư, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp thực hiện xuất nhập khẩu hàng hóa, rút ngắn thời gian và chi phí của doanh nghiệp; tăng thu ngân sách cho tỉnh.
Tổng kim ngạch, trọng lượng hàng hóa xuất nhập khẩu cũng như số thu thuế qua Cảng biển Nghi Sơn tăng lũy tiến qua các năm. Năm 2017, thu thuế xuất nhập khẩu mới đạt 1.429 tỉ đồng, năm 2020 đã nhảy vọt lên 10.484 tỉ đồng. Năm 2022, số thu từ hoạt động xuất nhập khẩu qua Cảng Nghi Sơn đã đạt gần 20.000 tỉ đồng, góp phần quan trọng cho sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.
Từ động lực của nguồn thu này, năm 2022, lần đầu tiên tỉnh Thanh Hóa đã vinh dự gia nhập “câu lạc bộ 50.000 tỉ” về thu ngân sách.
Theo ông Nguyễn Văn Thi – Phó Chủ tịch thường trực UBND tỉnh Thanh Hóa, với kết nối giao thông thuận lợi cả đường bộ, đường sắt, đường thủy và đường hàng không, Cảng biển Nghi Sơn có vị trí chiến lược trong phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm quốc phòng - an ninh của khu vực tỉnh Thanh Hóa và vùng phụ cận.
Cùng với lợi thế về vị trí địa lý, giao thông và được sự quan tâm, tạo điều kiện của Trung ương, Chính phủ và các bộ, ngành, tại Nghị quyết số 58-NQ/TW, ngày 5-8-2020 của Bộ Chính trị về xây dựng và phát triển tỉnh Thanh Hóa đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045 đã định hướng sớm đầu tư phát triển Cảng Nghi Sơn thành cảng 1A, cảng container chuyên dụng ngang tầm khu vực.
Bên cạnh đó, tại Nghị quyết số 37/2021/QH15, ngày 13-11-2021 của Quốc hội khóa XV về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển tỉnh Thanh Hóa, trong đó có hoạt động XNK hàng hóa qua Cảng Nghi Sơn; Thông tư số 21/2021/TT-BCT, ngày 10-12-2021 của Bộ Công Thương về việc quy định Cửa khẩu Cảng Nghi Sơn, thì đây là 1 trong 6 cửa khẩu cảng biển của cả nước được phép nhập khẩu ô tô chở người dưới 16 chỗ ngồi.
Mặc dù rất đáng ghi nhận, tuy nhiên, kết quả này vẫn chưa phát huy được lợi thế và tiềm năng của cảng biển, chưa tạo được bước đột phá như kỳ vọng của tỉnh Thanh Hóa.
Số thu thuế từ hoạt động xuất nhập khẩu qua Cảng Nghi Sơn vẫn phụ thuộc lớn vào nguồn thu thuế từ hoạt động nhập khẩu dầu thô của Công ty TNHH Lọc hóa dầu Nghi Sơn. Số thu từ các hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa thường xuyên qua Cảng Nghi Sơn hiện còn chiếm tỷ lệ nhỏ. Do vậy, ảnh hưởng từ hoạt động của Nhà máy Lọc hóa dầu Nghi Sơn vẫn chi phối lên số thu ngân sách của tỉnh Thanh Hóa.
Bên cạnh đó, Cảng Nghi Sơn chưa thu hút được nhiều hãng tàu container mở tuyến vận tải từ Nghi Sơn đi quốc tế và ngược lại. Do số lượng hãng tàu mới, doanh nghiệp mới chưa nhiều, tần suất hoạt động thấp nên số thu ngân sách Nhà nước từ hàng hóa vận chuyển bằng container chỉ chiếm tỷ lệ rất nhỏ trong tổng số thu ngân sách Nhà nước của hàng hóa xuất nhập khẩu qua Cảng Nghi Sơn (gần 3%).