Việc nộp thuế trong thời gian cá nhân, tổ chức giải quyết khiếu nại, khởi kiện được quy định theo Điều 61 Luật Quản lý thuế 2019 như sau:

1. Trong thời gian giải quyết khiếu nại, khởi kiện của người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt do cơ quan quản lý thuế tính hoặc ấn định: Người nộp thuế vẫn phải nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đó. Trừ trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định tạm đình chỉ thực hiện quyết định tính thuế, quyết định ấn định thuế của cơ quan quản lý thuế.

2. Trường hợp số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền (có thể theo bản án, quyết định của Tòa án) thì người nộp thuế được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp thừa.

Cá nhân nộp thuế có quyền yêu cầu cơ quan quản lý thuế trả tiền lãi theo mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. Nguồn tiền trả lãi được chi trả từ ngân sách trung ương theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.

3. Giấy tờ, thủ tục xử lý đối với trường hợp số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền. Hoặc được xác định theo bản án, quyết định của Tòa án được thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019.