Vào năm 2018, Thanh tra Sở Xây dựng Khánh Hòa ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính 40 triệu đồng đối với Công ty cổ phần du lịch Năm Sao - chủ đầu tư dự án khu du lịch Năm Sao Đại Lãnh về hành vi: "Hạng mục xây dựng sai nội dung giấy phép xây dựng được cấp theo quy định".
Tháng 6.2021, Kiểm toán Nhà nước nhận thấy việc chủ đầu tư dự án Khu du lịch Năm sao Đại Lãnh tự ý xây dựng 16 căn chòi nghỉ không phép, tổ chức hoạt động kinh doanh trên phần đất thuộc ranh giới rừng dương không thuộc phạm vi ranh giới đất của dự án. Mặc dù phát hiện vi phạm nhưng khi kiểm tra vào năm 2018, đoàn liên ngành Khánh Hòa đã không phát hiện xử lý.
Về việc này, Sở Xây dựng Khánh Hòa cho rằng, các hạng mục công trình nêu trên không có trong nội dung kế hoạch kiểm tra do Ban Quản lý khu kinh tế Vân Phong (BQL KKT Vân Phong) chủ trì, bởi vào tháng 10.2018, đoàn kiểm tra chỉ đi kiểm tra các công trình theo nội dung giấy phép xây dựng thuộc giai đoạn 1.
Trong khi đó, hiện trạng thực tế cho thấy các hạng mục công trình này nằm về phía giai đoạn 2 của dự án – được UBND xã Đại Lãnh quản lý. Do hạng mục này chưa được cấp phép xây dựng nên việc xử lý thuộc trách nhiệm của UBND xã Đại Lãnh.
Ngoài ra, Kiểm toán còn nêu tháng 10.2018, Sở Xây dựng xác định chưa đầy đủ hành vi vi phạm của chủ đầu tư dự án trên.
Việc này, Sở Xây dựng Khánh Hòa giải thích thêm, tháng 10.2018, Ban quản lý phối hợp với Thanh tra Sở Xây dựng kiểm tra công trình Khu du lịch Năm Sao Đại Lãnh và lập biên bản, ban hành quyết định xử phạt hành chính về hành vi tổ chức thi công xây dựng công trình sai nội dung giấy phép xây dựng được cấp đối với trường hợp cấp phép xây dựng mới.
Cụ thể, tại vị trí mà chủ đầu tư xây dựng hạng mục hồ bơi, dựa vào giấy phép xây dựng được cấp là hạng mục nhà hàng. Do vậy, khi chủ đầu tư xây hồ bơi ở vị trí này có nghĩa là xây dựng sai nội dung giấy phép xây dựng được cấp nên việc xử phạt vi phạm hành chính của Thanh tra Sở Xây dựng là đúng quy định.
Liên quan đến trách nhiệm của BQL KKT Vân Phong đối với việc để 16 căn chòi nghỉ không phép tại Khu du lịch nghỉ dưỡng Năm sao Đại Lãnh vốn do chính quyền địa phương quản lý, ông Nguyễn Trọng Hoàng – Trưởng Ban Quản lý cho rằng khu vực này do chính quyền địa phương quản lý và nó đã có trước khi hình thành khu kinh tế Vân Phong.
Liên quan đến việc Ban Quản lý cấp giấy phép cho Công ty Cổ phần Du lịch Năm Sao lấn biển, ông Nguyễn Trọng Hoàng cho rằng, vào năm 2017-2018, Ban Quản lý cấp phép xây dựng dựa vào quy hoạch 1/500 mà tỉnh đã phê duyệt. Đến năm 2020, tỉnh Khánh Hòa mới phê duyệt mức nước trung bình cho toàn tỉnh trong đó có khu vực Khu kinh tế Vân Phong.
Theo ông Hoàng, khi làm việc, Kiểm toán đã dựa vào quy định của tỉnh Khánh Hòa về "đường mực nước chiều cao trung bình", từ đó đưa ra kết luận Ban Quản lý cấp phép dự án Khu du lịch nghỉ dưỡng Năm sao Đại Lãnh lấn biển là không đúng quy định. Việc này, BQL KKT Vân Phong cũng đã có báo cáo UBND tỉnh Khánh Hòa trước đó.