Theo Sở GTVT TPHCM, giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030, thì cảng biển TPHCM gồm 4 khu bến chính. Cụ thể: khu bến cảng Cát Lái (7 cảng); khu bến cảng trên sông Sài Gòn (12 cảng); khu bến cảng Nhà Bè (11 cảng), khu bến cảng Hiệp Phước (12 cảng).
Năm 2019, số container qua TPHCM là 6,44 triệu TEU. Với tốc độ tăng trưởng sản lượng hàng hóa qua cảng bình quân hàng năm là 5%, đồng thời sản lượng hàng hóa thông qua cảng biển chủ yếu bằng vận tải bằng đường bộ nên lưu lượng xe ra vào các cụm cảng rất lớn, trung bình mỗi ngày 26.000 lượt xe.
Tuy nhiên, hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ kết nối các cụm cảng phát triển chậm không theo kịp sự phát triển của các cảng biển dẫn đến ùn tắc giao thông xảy ra thường xuyên (nhất là tại khu vực bến cảng Cát Lái).
Đây là điểm nghẽn trong phát triển kinh tế của TPHCM dù trong những năm qua, thành phố đã đầu tư hàng nghìn tỉ đồng để xây hệ thống các đường trục và đường nhánh kết nối giữa các khu vực cảng biển.
Từ đó, Sở GTVT TPHCM cho rằng, để có nguồn vốn hoàn thiện kết cấu hạ tầng kết nối cảng biển, giảm bớt tình trạng ùn tắc giao thông, thời gian vận chuyển hàng hóa... mang lại lợi ích thiết thực cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu và người dân thành phố trong điều kiện nguồn ngân sách của thành phố hạn hẹp, thì việc thu phí hạ tầng cảng biển là hoàn toàn phù hợp về mặt địa lý và cơ sở pháp lý.
Sở GTVT TPHCM khẳng định, Luật Phí, lệ phí quy định thẩm quyền của HĐND TPHCM trong việc quy định các khoản thu phí và lệ phí. Ngoài ra, Thông tư số 85/2014/TT-BTC ngày 29.11.2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về phí và lệ phí thuộc thẩm quyền quyết định của Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố thuộc trung ương,...
Sở GTVT TPHCM cho biết sẽ học kinh nghiệm thu phí hạ tầng cảng biển tại Hải Phòng để xây dựng đề án. Trong đó, ưu tiên xây dựng mức thu phí cho hàng xuất nhập khẩu do hiện nay tỉ trọng hàng tạm nhập tái xuất, hàng quá cảnh, hàng gửi kho ngoại quan trong tổng số hàng thông qua các cụm cảng biển, chiếm tỉ lệ rất nhỏ so với hàng xuất nhập khẩu.
Dự kiến đến tháng 8.2020, Sở GTVT TPHCM hoàn thiện đề án và trình UBND TPHCM. Sau đó, UBND TPHCM trình HĐND TPHCM thông qua để trong năm 2020 có thể tổ chức thu phí này.
Ngày 1.1.2017, UBND thành phố Hải Phòng đã triển khai Nghị quyết số 148/2016/NQ-HĐND, ngày 13.12.2016 của HĐND thành phố Hải Phòng về việc quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng công trình, kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển Hải Phòng.
Trong đó, nêu rõ, mức phí áp dụng đối với hàng tạm nhập tái xuất, hàng chuyển khẩu, hàng gửi kho ngoại quan thu 2,2 triệu đồng/container 20 feet hàng khô và 4,4 triệu đồng/container 40 feet hàng khô, 2,3 triệu đồng/container 20 feet hàng lạnh và 4,8 triệu đồng/container 40 feet hàng lạnh, 50.000 đồng/tấn hàng lỏng, hàng rời...