Ngày 9.1.2014, Bộ GTVT đã phê duyệt Quyết định số 79 điều chỉnh tại Quyết định số 1519 ngày 27.4.2015 và Quyết định số 692 ngày 14.3.2017 của dự án với tổng mức đầu tư 1.720 tỉ đồng; thời gian thu phí hoàn vốn là 15 năm 9 tháng 25 ngày.
Dự án được chia làm 2 phân đoạn, gồm phân đoạn 1 là cải tạo, nâng cấp QL91 đoạn từ km14-km50+889; phân đoạn 2 là mở rộng, tăng cường nền, mặt đường QL91B đoạn từ km 0+000-km15+793. Qua kiểm toán, xác định giá trị đầu tư của dự án là trên 1.651 tỉ đồng, trong đó, vốn chủ sở hữu là trên 277 tỉ đồng; tổng vốn vay theo hợp đồng BOT là 1.373 tỉ đồng.
Tuy nhiên, trong quá trình khai thác, dự án đã nhiều lần bị lái xe, chủ phương tiện phản ứng bằng cách cho phương tiện dừng tại các làn thu phí của trạm T2 vì họ cho rằng trạm này thu phí bất hợp lý. Đặc biệt, từ ngày 19.5 khi cầu Vàm Cống được đưa vào khai thác sử dụng, tình trạng này càng trở nên nghiêm trọng hơn. Buộc nhà đầu tư phải xả trạm từ ngày 25.5.2019 đến nay.
Theo đại diện Cty CP Đầu tư QL91 Cần Thơ-An Giang, Dự án dừng thu phí tại trạm T2 đã dẫn đến doanh thu sụt giảm nghiêm trọng, nếu không có phương án xử lý sớm sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến dòng tiền hoàn vốn và kế hoạch trả nợ ngân hàng tài trợ vốn cho dự án. Do đó, Cty CP Đầu tư QL91 Cần Thơ-An Giang đề nghị Chính phủ và các bộ, ngành liên quan có phương án nhận lại dự án và hoàn trả chi phí đầu tư dự án cho nhà đầu tư để nhà đầu tư có nguồn vốn trả nợ ngân hàng giúp nhà đầu tư ổn định tình hình SXKD.
Trong trường hợp Chính phủ không có phương án nhận lại dự án, để đảm bảo duy trì thực hiện hợp đồng BOT theo đúng thỏa thuận đã được ký kết giữa nhà đầu tư và Bộ GTVT nhà đầu tư đề nghị Chính phủ có phương án hỗ trợ dự án 880 tỉ đồng (gồm chi phí giải phóng mặt bằng khoảng 400 tỉ đồng và chi phí xây dựng QL91B khoảng 480 tỉ đồng). Dự án chỉ thực hiện thu phí tại trạm T1 để hoàn vốn đầu tư xây dựng QL91.