Là chủ đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật Dự án Cụm công nghiệp tại huyện Hoài Đức (Hà Nội), Công ty X được miễn tiền thuê đất. Tuy nhiên, ông H - đại diện công ty - cho biết, đơn vị đã tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng (GPMB).

Ông H chia sẻ, cụm có quyết định thành lập từ năm 2020, chủ đầu tư đã chấp hành nghiêm chỉnh và thực hiện đầy đủ các thủ tục về đầu tư, xây dựng theo quy định: Tự nguyện ứng trước tiền bồi thường GPMB theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt để thực hiện dự án.

Theo ông H, đến nay, dự án đã hoàn thành công tác lập và phê duyệt dự án đầu tư theo quy định; công tác giao đất, cho thuê đất thực hiện dự án: công tác xin cấp giấy phép xây dựng, triển khai thi công xây dựng... Hiện dự án chuẩn bị hoàn thành và đưa vào sử dụng.

Theo Quy định cho thuê đất và Hợp đồng cho thuê đất: Dự án có diện tích khoảng 8 ha, trong đó: diện tích hạ tầng sử dụng chung là 3 ha; diện tích đất kinh doanh là 5ha; thời hạn sử dụng đất đến năm 2070.

Hình thức sử dụng đất: Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm. Thời hạn thuê đất: Từ năm 2022 đến 2070.

"Chủ đầu tư đã được cơ quan thuế ra Quyết định miễn tiền thuê đất cho thời gian xây dựng cơ bản cho diện tích 8ha - đến 3.2023 và miễn tiền thuê đất theo quy định pháp luật về đầu tư (11 năm) cho diện tích đất kinh doanh là 5ha - đến 3.2034, đồng thời là quyết định miễn tiền thuê đất xây dựng kết cấu hạ tầng sử dụng chung trong cụm công nghiệp (cho toàn bộ thời hạn thuê đất) cho diện tích đất 3ha - đến năm 2070.

Như vậy, sau khi được miễn tiền thuê đất nước theo quy định thì chủ đầu tư chỉ còn phải nộp tiền thuê đất cho diện tích đất kinh doanh (có diện tích 5ha) cho thời gian còn lại từ năm 2034 đến năm 2070 (36 năm) với số tiền khoảng 104 tỉ đồng (quy đổi theo đơn giá tại thời điểm giao đất)" - ông H cho biết.

Tuy nhiên, ông H lập luận, theo quy định thì chủ đầu tư được khấu trừ số tiền bồi thường, GPMB đã ứng trước theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt vào tiền thuê đất phải nộp.

"Chúng tôi đã có văn bản của Sở Tài chính Hà Nội về việc kinh phí bồi thường GPMB đủ điều kiện khấu trừ vào tiền thuê đất của dự án. Vì vậy, trước vấn đề trên, tôi thắc mắc việc khấu trừ số tiền bồi thường, GPMB đã ứng trước trong trường hợp của tôi cụ thể sẽ được tính như thế nào?".

Liên quan đến vấn đề này, Cục Thuế TP.Hà Nội cho biết: Đối với trường hợp công ty của ông H được nhà nước cho thuê 8 ha đất để xây dựng hạ tầng kỹ thuật dự án Cụm công nghiệp; hình thức sử dụng đất: Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm; thời hạn thuê đất: từ năm 2022 đến năm 2070.

Theo đó, công ty tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, GPMB theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt và Sở Tài chính đã có văn bản xác nhận về kinh phí bồi thường, hỗ trợ GPMB đủ điều kiện khấu trừ vào tiền thuê đất của dự án.

Công ty đã được miễn tiền thuê đất đối với diện tích đất kinh doanh 5 ha đến tháng 3.2034 (bao gồm miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản và miễn tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đầu tư) và miễn tiền thuê đất đối với diện tích đất xây dựng kết cấu hạ tầng sử dụng chung trong cụm công nghiệp 3 ha cho toàn bộ thời gian thuê đất đến năm 2070.

Căn cứ các nội dung nêu trên, Cục Thuế TP Hà Nội cho hay, trường hợp công ty tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, GPMB theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt (đã được Sở Tài chính xác nhận số tiền đủ điều kiện khấu trừ vào tiền thuê đất) thì sau khi trừ số tiền thuê đất được miễn theo quyết định của cơ quan thuế, công ty tiếp tục được khấu trừ tiền bồi thường, GPMB vào tiền thuê đất phải nộp (được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ tài chính nộp tiền thuê đất). Đối với số tiền bồi thường, GPMB còn lại chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (nếu có) thì được tính vào vốn đầu tư của dự án.

Cục Thuế đề nghị ông H căn cứ quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15.5.2014 của Chính phủ, đối chiếu với hồ sơ cụ thể để rà soát, thực hiện theo quy định. Trường hợp phát sinh vướng mắc, đề nghị liên hệ Chi cục Thuế nơi có đất để được hướng dẫn, trả lời theo quy định.