Theo quyết định của Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường, ACV đã thực hiện không đúng, không đầy đủ một trong các nội dung quyết định phê duyệt kết quả thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) do Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt.  

Cụ thể, chưa bố trí các hồ chứa nước tạm để chứa nước mưa và chưa xây dựng hệ thống rãnh thoát nước mưa trong quá trình thi công; chưa thực hiện gia cố kè, taluy; chưa có các hồ lắng, mương thoát nước, xử lí nước từ các hồ lắng trước khi thải ra các suối xung quanh tại khu vực bãi lưu trữ đất đào dư thừa (khu vực 722ha); thực hiện tưới nước, phun nước không thường xuyên, liên tục, không đầy đủ các vị trí theo nội dung ĐTM. Với hành vi vi phạm nêu trên, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định xử phạt 90 triệu đồng.

Với hành vi gây ô nhiễm không khí vượt quy chuẩn kĩ thuật môi trường không khí xung quanh đối với trường hợp hàm lượng thông số bụi trong không khí vượt quy chuẩn kĩ thuật từ 5-10 lần, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định xử phạt 180 triệu đồng. 

Theo Bộ Tài nguyên và Môi trường, do đây là công trình trọng điểm quốc gia, cần đẩy nhanh tiến độ để gấp rút hoàn thành nên không áp dụng biện pháp đình chỉ hoạt động. Hơn nữa, nếu đình chỉ hoạt động cũng không giảm được ô nhiễm bụi mà còn có nguy cơ gia tăng từ khu vực mặt bằng đã được san lấp trên diện tích 2.500 ha. 

Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường yêu cầu ACV thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm bụi do ảnh hưởng từ hoạt động thi công của dự án gồm: áp dụng biện pháp giảm bụi bằng phun polime; tăng cường công tác tưới nước dập bụi, đặc biệt là các giờ cao điểm khô, nắng nóng, gió dễ xảy ra giông lốc cho tất cả các khu vực san lấp đã được bốc tầng phủ; giảm cường độ thi công của nhà thầu vào các giờ cao điểm khô bụi mạnh từ 10-12h và 13-16h hàng ngày; bổ sung giải pháp thi công san lấp theo hình thức cuốn chiếu, thực hiện lu lèn chặt đất ngay sau khi san lấp đạt cao độ; trồng cỏ ngày sau khi hoàn thiện thi công xong công tác đắp đất; hoàn thiện các hồ điều hoà để chứa nước, chủ động được nguồn nước để dập bụi…