Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) trong bản kết luận đã đề nghị truy tố 38 bị can về các tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước" xảy ra tại Công ty Thành An Hà Nội, Công ty Thiết bị y tế Danh, Công ty Thiết bị y tế Tràng Thi.
Trong số đó, Kế toán trưởng Công ty Thành An Hà Nội - Đỗ Thị Hoa; Kế toán trưởng Công ty Danh - Bùi Thị Mai Hương và Nguyễn Thị Hòa - phụ trách kế toán 3 công ty (đang bỏ trốn) bị đề nghị truy tố tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng".
Hương khai được giao làm Kế toán trưởng Công ty Danh từ năm 2013 và nhận chỉ đạo từ vợ chồng Nguyễn Đăng Thuyết - Tổng Giám đốc Công ty Thành An Hà Nội về việc lập 2 hệ thống sổ kế toán.
Để lập các báo cáo tài chính, kê khai quyết toán thuế không đúng với thực tế, Hòa đã lập kế hoạch dự tính số tiền thuế phải nộp, sau đó cùng Hương trực tiếp liên hệ với "các đầu mối" để mua bán hóa đơn khống.
Quá trình thực hiện việc mua hóa đơn khống, Hương cùng Hòa thống nhất tự "cắt lại" tỉ lệ chi phí mua hóa đơn khống. Hai bị can thỏa thuận với "các đầu mối" từ 0,3% đến 1,5% tỉ lệ chi phí mua hóa đơn khống rồi chia đôi hưởng lợi.
Từ năm 2017 đến năm 2022, Hòa và Hương đã mua 19.167 hóa đơn khống (mặt hàng là danh mục vật tư y tế) của 110 công ty/hộ kinh doanh với tổng giá trị tiền hàng trước thuế là hơn 3.689 tỉ đồng, thuế VAT là hơn 75 tỉ đồng; tổng tiền hàng sau thuế là hơn 3.765 tỉ đồng và tổng chi phí mua hóa đơn là hơn 257 tỉ đồng.
Việc hạch toán đối với 19.167 hóa đơn khống được Hòa và Hương cập nhật vào hệ thống sổ kế toán thuế nhằm tăng chi phí, giảm thuế phải nộp. Còn phần chi phí mua hóa đơn khống và các phần thực thu, thực chi khác được Hoa theo dõi trên sổ kế toán tài chính "nội bộ".
Hai bị can Hòa và Hương chia nhau số tiền hơn 30,7 tỉ đồng (mỗi bị can nhận hơn 15,3 tỉ). Trong đó, Hòa nhận hơn 10 tỉ đồng tiền mặt từ Hương, còn lại hơn 5 tỉ được chuyển khoản qua 27 lần vào tài khoản ngân hàng của em gái bị can.
Đối với Hoa, bị can này khai việc lập các báo cáo tài chính, kê khai báo cáo cơ quan thuế của 3 công ty do Hòa và Hương thực hiện, theo dõi. Trước khi hoàn thiện, phát hành các báo tài chính, Hoa được Hòa báo cáo, nên bị can biết rõ số liệu đã được điều chỉnh sai với kết quả kinh doanh thực tế.
Theo kết luận điều tra, hành vi trên của các bị can gây thiệt hại ngân sách Nhà nước về thuế là hơn 743 tỉ đồng.
3 bị can trên được chỉ đạo lập, sử dụng 2 hệ thống sổ kế toán tài chính theo dõi trên phần mềm kế toán FAST để hạch toán, kê khai, báo cáo thuế và theo dõi kết quả hoạt động kinh doanh của 3 công ty.
Theo đó, hệ thống sổ kế toán tài chính "nội bộ" ghi nhận toàn bộ số liệu thực thu, thực chi, kết quả kinh doanh thực tế liên quan đến hoạt động của 3 công ty, cũng như các số liệu chi không có chứng từ hợp pháp;
Hệ thống sổ kế toán tài chính thuế khai man số liệu để lập các báo cáo tài chính, báo cáo thuế với các cơ quan quản lý Nhà nước, tăng chi phí đầu vào, tăng giá vốn hàng bán, giảm lợi nhuận, giảm thuế phải nộp.