Cục C03, Bộ Công an chủ trì, phối hợp với Cục cảnh sát giao thông, Cục An ninh mạng và phòng, chống tội phạm công nghệ cao đã bắt giữ khẩn cấp và khám xét đối với Ngô Bá Thắng- là giám đốc Chi nhánh Long An thuộc công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh, Trần Văn Miền là Phó giám đốc chi nhánh Long An thuộc công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh- trạm trưởng trạm thu phí Chợ Đệm, Tô Phước Hùng- Kế toán trưởng công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh, Nguyễn Thị Kim Huệ là kế toán công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh và Nguyễn Văn Hiền- Giám đốc công ty THHH Xuân Phi.
Quá trình khám xét đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử xác định các đối tượng có hành vi trốn thuế gây thất thu cho ngân sách nhà nước.
Công ty Yên Khánh có tên đầy đủ là Công ty TNHH Sản xuất thương mại dịch vụ Yên Khánh, được thành lập năm 2005, có trụ sở tại 35-37 Ngô Đức Kế, Phường Bến Nghé, Quận 1, TP HCM do doanh nhân 8x - Vũ Thị Hoan (sinh năm 1985) làm Giám đốc.
Ngày 22.11.2018, Cơ quan Điều tra Hình sự Bộ Quốc phòng đã ra các quyết định khởi về tội “vi phạm các quy định về quản lý đất đai” theo Điều 229 Bộ luật Hình sự năm 2015; Quyết định khởi tố bị can số 09/QĐ-KTBC; Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú số 07/L-CĐKNCT, Lệnh khám xét nơi ở số 08/L-KX đối với bị can Bùi Văn Nga; Quyết định khởi tố bị can số 11/QĐ-KTBC, Lệnh bắt bị can để tạm giam số 06/LBBC-ĐTG, Lệnh tạm giam số 06/L-TG thời hạn 04 tháng và Lệnh khám xét nơi ở, nơi làm việc số 09, 10, 11/L-KX đối với Trần Trọng Tuấn; Quyết định khởi tố bị can số 12/QĐ-KTBC, Lệnh bắt bị can để tạm giam số 07/LBBC-ĐTG, Lệnh tạm giam số 07/L-TG thời hạn 04 tháng, Lệnh khám xét nơi ở và nơi làm việc số 12, 13/L-KX đối với bị can Vũ Thị Hoan.
Theo tờ VietnamFinance, sau 12 năm hoạt động, vốn điều lệ của Yên Khánh là 1.800 tỉ đồng gồm ba cổ đông sáng lập là: bà Đinh Thị Hiên (30%), Vũ Thị Hoan (69,5%) và Đinh Thị Liên (0,5%).
Bà Hoan có chị gái là bà Vũ Thị Hoa – người từng giữ chức thành viên HĐQT Công ty cổ phần đầu tư và thương mại DIC (tính đến tháng 6/2017) và là cháu của Đinh Ngọc Hệ (tức Út trọc)
Dự án cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận có tổng mức đầu tư hơn 14.000 tỉ đồng cũng do liên danh: Tuấn Lộc – Yên Khánh - Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng BMT - Công ty TNHH Tập đoàn Thắng Lợi - Công ty cổ phần Hoàng An - Công ty cổ phần Đầu tư Cầu đường CII làm chủ đầu tư.
Theo thông báo từ Cục Quản lý đường bộ IV (Tổng cục Đường bộ Việt Nam) vào chiều 31.12, từ 0h00 ngày 1.1.2019 sẽ dừng thu phí trên tuyến đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương. Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh bàn giao Công tác quản lý thu phí và nhân sự sang cho Tổng công ty Cửu Long, đồng thời Tổng công ty Cửu Long sẽ bàn giao việc quản lý tuyến đường cao tốc này cho Tổng cục Đường bộ Việt Nam.