Theo cơ quan công an, năm học 2019 - 2020 và 2021 - 2022, Nguyễn Như Thành đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, chỉ đạo bộ phận kế toán, thủ quỹ lập hồ sơ, chứng từ rút tiền Ngân sách Nhà nước hỗ trợ cho học sinh Nhà trường theo quy định tại Nghị định số 116 của Chính phủ về chính sách hỗ trợ học sinh và trưởng phổ thông ở xã, thôn đặc biệt khó khăn; Nghị định số 86 và 81 của Chính phủ về chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập.
Sau khi rút tiền Ngân sách hỗ trợ về Nhà trường, Nguyễn Như Thành đã không chi trả đầy đủ cho học sinh mà trực tiếp quản lý, lập khống chứng từ chi và báo cáo quyết toán hàng năm của Nhà trường mà chiếm đoạt, sử dụng cá nhân tổng số tiền hơn 2 tỉ đồng.
Hành vi của Nguyễn Như Thành đủ yếu tố cấu thành tội Tham ô tài sản được quy định tại khoản 4, Điều 353 Bộ Luật Hình sự.
Vụ việc đang được tiếp tục điều tra mở rộng.