Sau khi thẩm tra lý lịch các bị can, đại diện viện kiểm sát giữ quyền công tố tại tòa đã công bố bản cáo trạng dài gần 40 trang, tóm tắt quá trình, hành vi phạm tội và các tình tiết giảm nhẹ của các bị cáo.
Trong quá trình điều tra vụ án có một số bị can đã nộp hoặc tác động gia đình nộp một phần tiền khắc phục hậu quả gồm: Đỗ Hữu Ca nộp 35 tỉ đồng, Trương Xuân Đước và Nguyễn Thị Ngọc Anh mỗi bị can nộp 1,7 tỉ đồng, Hà Thị Trang và Đỗ Thị Đua mỗi bị can nộp 300 triệu đồng; Vũ Ngọc Tủ nộp 500 triệu đồng; Chu Thị Thu Hiền nộp 400 triệu đồng, Nguyễn Đình Đương nộp 196 triệu đồng, Đỗ Thanh Hoài nộp 166 triệu đồng, Hà Thị Bích Nhàn nộp 200 triệu đồng. Đặng Khắc Thành nộp 50 triệu đồng và Ngô Văn Tuyên nộp 30 triệu đồng. Tổng cộng số tiền là 40.542.000.000 đồng. Số tiền này hiện đã chuyển vào tài khoản tạm giữ của Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Quảng Ninh tại Kho bạc Nhà nước tỉnh để quản lý trong thời gian chờ xử lý theo quy định của pháp luật.
Căn cứ vào hành vi phạm tội và các tình tiết giảm nhẹ, các bị can Trương Xuân Đước, Nguyễn Thị Ngọc Anh đã phạm vào các tội: “Mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước”, và tội “ Đưa hối lộ” quy định tại các điểm: b, d, đ, e khoản 2 Điều 203 và khoản 4, Điều 364 Bộ luật hình sự.
Đỗ Hữu Ca đã phạm vào tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, quy định tại điểm a khoản 4 Điều 174 Bộ luật hình sự; Các bị can Nguyễn Đình Đương, Đỗ Thanh Hoài đã phạm vào tội: “Nhận hối lộ”, quy định tại các điểm c, đ khoản 2 Điều 354 Bộ luật hình sự; Các bị can Đặng Khắc Thành, Hà Thị Bích Nhàn phạm vào tội: “Mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước”, quy định tại các điểm: b, d, đ,e khoản 2 Điều 203 Bộ luật hình sự.
Các bị can Hà Thị Trang, Đỗ Thị Đua, Vũ Ngọc Tú đã phạm vào tội “Trốn thuế”, quy định tại khoản 3, Điều 200 Bộ luật hình sự. Bị can Chu Thị Thu Hiền phạm vào tội “Trốn thuế”, quy định tại điểm b,d khoản 2, Điều 200 Bộ luật hình sự. Các bị can Nguyễn Hiền Tài và Ngô Văn Tuyên phạm vào tội “Trốn thuế”, quy định tại khoản 1, Điều 200 Bộ luật hình sự.