Tại kết luận điều tra vụ án chuyến bay giải cứu, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố 54 bị can về các tội "Nhận hối lộ, Đưa hối lộ, Môi giới hối lộ, Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Bộ Ngoại giao, Bộ Giao thông vận tải, Văn phòng Chính phủ...

Theo kết luận, trong đợt dịch COVID-19 diễn biến phức tạp trên toàn cầu, các cơ quan chức năng đã cấp phép và tổ chức trên 1.000 chuyến bay, đưa hơn 200.000 người dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước.

Việc tổ chức các chuyến bay cứu hộ này nhận được sự đánh giá cao của cộng đồng quốc tế và sự ủng hộ của đồng bào trong và ngoài nước, ghi dấu ấn ngoại giao của Việt Nam trên trường quốc tế, thể hiện tính nhân đạo của Đảng, Nhà nước.

Tuy nhiên, quá trình triển khai thực hiện, đã có sự chồng chéo, không rõ ràng về thẩm quyền. Từ đó, một số cá nhân có thẩm quyền ở các bộ, ngành đã gây khó khăn, nhũng nhiễu, làm khó doanh nghiệp tổ chức chuyến bay.

Từ đó tạo ra cơ chế "xin - cho" buộc doanh nghiệp phải nâng giá vé máy bay và các chi phí phát sinh khác để “bôi trơn”, đưa hối lộ...

Tại Văn phòng Chính phủ (VPCP), các cá nhân thuộc Vụ Quan hệ Quốc tế (QHQT) và lãnh đạo VPCP đã lợi dụng nhiệm vụ được giao, đề xuất thẳng lên lãnh đạo Chính phủ duyệt chủ trương cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp; Bỏ qua quy trình giám sát, đề xuất của Tổ công tác 5 bộ trong việc thẩm định, đưa ra ý kiến đối với kế hoạch tổ chức các chuyến bay, qua đó nhận hối lộ của doanh nghiệp.

Từ tháng 10.2020 - 4.2021, VPCP chỉ là đơn vị có chức năng tham mưu, đề xuất trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt chuyến bay trên cơ sở đề nghị, thống nhất của Bộ Ngoại giao và Tổ công tác 4 bộ/5 bộ;

Song VPCP vẫn trực tiếp tiếp nhận hồ sơ của doanh nghiệp để báo cáo lãnh đạo Chính phủ phê duyệt chuyến bay không thông qua Tổ công tác 4 bộ/5 bộ, tạo thế bị động cho các đơn vị tổ chức triển khai thực hiện.

Trước sự việc này, Bộ Ngoại giao đã tham mưu và ngày 29.4.2021, Thủ tướng Chính phủ ban hành Thông báo số 82/TB-VPCP về việc giao Bộ Ngoại giao làm đầu mối tổng hợp số lượng các chuyến bay, thống nhất trong Tổ 5 bộ để thực hiện.

Từ tháng 12.2020 - 1.2022, Bộ Ngoại giao phát hành văn bản về kế hoạch thực hiện các chuyến bay để đề xuất lãnh đạo Chính phủ giao Bộ Ngoại giao là đơn vị chủ trì; đề xuất kế hoạch cấp phép chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong Tổ công tác 4 bộ/5 bộ.

Tại Bộ Ngoại giao, với nhiệm vụ chính là bảo hộ công dân Việt Nam tại nước ngoài và quản lý danh sách công dân Việt Nam đăng kí nhu cầu về nước.

Theo Cơ quan An ninh điều tra, thực tế, khi các doanh nghiệp triển khai chuyến bay combo được cấp phép thì một số cơ quan đại diện Việt Nam tại nước ngoài đã không kịp thời thực hiện hết và đúng trách nhiệm bảo hộ công dân.

Họ còn thỏa thuận, yêu cầu doanh nghiệp chia lợi nhuận theo từng chuyến bay hoặc chi tiền theo số công dân được về nước; thu tiền của công dân vượt so với quy định.

Ở trong nước, Bộ Ngoại giao là đầu mối chủ trì xin duyệt cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp. Song các cá nhân có nhiệm vụ quyền hạn không chỉ nhận tiền hối lộ của các doanh nghiệp để chấp thuận cấp phép chuyến bay, mà còn còn gây khó khăn cho họ vì chưa chi tiền hối lộ khi triển khai các chuyến bay.

Hành vi nhũng nhiễu của những cá nhân có nhiệm vụ quyền hạn tại Bộ Ngoại giao đã tạo ra “thị trường” mua bán giấy cấp phép chuyến bay giữa doanh nghiệp với Bộ Ngoại giao và sang nhượng quyền được tổ chức các chuyến bay giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp.

Tại Bộ Giao thông vận tải, một số cá nhân có thẩm quyền vì vụ lợi, làm trung gian môi giới hối lộ hoặc nhận hối lộ để cấp phép bay tăng số lượng công dân về nước theo phê duyệt của Tổ công tác 5 bộ.

Tại Bộ Y tế, Cục Quản lý xuất nhập cảnh Bộ Công an, khi giải quyết thủ tục cho công dân Việt Nam ở nước ngoài nhập cảnh về nước, cũng đã lợi dụng vào vai trò, chức năng, nhiệm vụ được phân công; Cố ý tạo ra khó khăn, nhũng nhiễu để đòi hỏi, ép buộc các doanh nghiệp phải chi tiền mới chấp thuận giải quyết chuyến bay.

Tại địa phương, một số bị can tại UBND TP Hà Nội, tỉnh Quảng Nam... đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn nhận tiền của đại diện các doanh nghiệp khi phê duyệt chủ trương cách li cho công dân về nước.

Quá trình điều tra, cơ quan chức năng cáo buộc cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng nhận hối lộ 21,5 tỉ đồng; Nguyễn Thị Hương Lan 25 tỉ đồng; Phạm Trung Kiên - cựu Thư kí của Thứ trưởng Bộ Y tế nhận hơn 42 tỉ đồng...