Theo cáo trạng, hành vi của bị can Nguyễn Mạnh Thừa (Giám đốc Công ty Lilama) đã phạm tội “Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên” quy định tại điểm a, b khoản 2 Điều 227 Bộ luật Hình sự năm 2015 và tội “Rửa tiền” quy định quy định tại điểm a khoản 3 Điều 251 Bộ luật Hình sự năm 1999 được sửa đổi bổ sung năm 2009.
Hành vi của cựu Bí thư Tỉnh ủy Lào Cai Nguyễn Văn Vịnh; cựu Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai Doãn Văn Hưởng; 2 cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai Lê Ngọc Hương và Nguyễn Thanh Dương đã phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” quy định tại khoản 3 Điều 281 Bộ luật Hình sự năm 1999.
Cáo trạng nêu rõ: Đối với bị can Nguyễn Văn Vịnh với cương vị là Phó Chủ tịch và Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai trong giai đoạn từ 2012 - 2015 là người chịu trách nhiệm quản lý toàn diện các hoạt động của UBND tỉnh và trực tiếp chỉ đạo, điều hành công tác quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế xã hội và chủ trương đầu tư, cấp giấy chứng nhận đầu tư các dự án tại Quyết định số 1915 ngày 1.8.2011 của UBND tỉnh Lào Cai về việc phân công công việc của các thành viên UBND tỉnh, nhiệm kỳ 2011 - 2016 (Quyết định 1915).
Tuy nhiên, trong quá trình thực thi công vụ được giao đã không thực hiện đúng các quy định của pháp luật trong công tác quản lý, bảo vệ tài nguyên, khoáng sản trên địa bàn tỉnh Lào Cai mà ký các Văn bản số 1744, ngày 7.7.2011; số 839, ngày 11.4.2012; số 2160 ngày 2.8.2012; số 3805, ngày 3.12.2012; Giấy chứng nhận đầu tư số 12121000358 ngày 17.12.2012 và có ý kiến bút phê, chỉ đạo vào các tài liệu khác có liên quan trái quy định của pháp luật vi phạm Điều 65, Điều 67, Điều 82 Luật khoáng sản năm 2010, để Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam lợi dụng khai thác và tiêu thụ trái phép khoáng sản (quặng apatit) tại Khai trường 18 thuộc thôn 2, xã Đồng Tuyển, TP Lào Cai thông qua thực hiện dự án Khách sạn, nhà hàng và việc cải tạo mặt bằng khu mỏ.
Hành vi của bị can Nguyễn Văn Vịnh đã tạo điều kiện cho Công ty Lilama và Công ty TNHH MTV Apatit Việt Nam đã khai thác và tiêu thụ trái phép gần 1 triệu tấn quặng Apatit trong phạm vi 37.700m2, trong đó có 22.674,2m2 nằm chồng lấn vào diện tích Khai trường 18 có trị giá hơn 312 tỉ đồng.
Như Báo Lao Động đã đưa tin, năm 2009, Công ty Lilama được UBND tỉnh Lào Cai cấp giấy chứng nhận để thực hiện dự án đầu tư xây dựng khách sạn, nhà hàng tại thôn 2, xã Đồng Tuyển, TP Lào Cai trên phần diện tích đất rộng 3,77ha.
Quá trình san gạt, do phát hiện quặng apatit nên các sở, ban, ngành Lào Cai vào cuộc khảo sát thực địa, xác định một phần diện tích của dự án trùng với Khai trường số 18 thuộc quy hoạch quặng apatit. Vì vậy, UBND tỉnh Lào Cai quyết định thu hồi giấy chứng nhận đầu tư đối với Công ty Lilama, giao diện tích đất 3,77ha cho Công ty Apatit Việt Nam quản lý, sử dụng.
Sau đó, UBND tỉnh Lào Cai ban hành Văn bản số 2160, yêu cầu Công ty Apatit Việt Nam bàn giao lại khu đất cho Công ty Lilama để lập dự án nghỉ dưỡng, quá trình thực hiện nếu còn khoáng sản thì Công ty Lilama được tận thu.
Đến tháng 5.2013, UBND tỉnh Lào Cai tiếp tục có Văn bản số 1717, nội dung thể hiện "nếu kết quả phân tích có phát hiện quặng (kể cả quặng nghèo), giao cho Công ty Lilama thu gom, thỏa thuận, thống nhất với Công ty Apatit Việt Nam để tập kết, quản lý, sử dụng theo quy định pháp luật".
Để sai phạm của Công ty Lilama diễn ra trong thời gian dài, cơ quan tố tụng xác định, chính quyền tỉnh Lào Cai đã có hàng loạt văn bản ban hành không đúng quy định. Hành vi này giúp Công ty Lilama "đường đường chính chính" khai thác khoáng sản dưới "vỏ bọc" dự án xây dựng nhà hàng, khách sạn.