Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, lợi dụng, chức vụ quyền hạn là giám đốc, có trách nhiệm quản lý tài sản Bệnh viện TP Thủ Đức, bị cáo Nguyễn Minh Quân đã đề nghị bị cáo Nguyễn Văn Lợi (người làm thuê cho vợ chồng Quân) thành lập, sử dụng các công ty “sân sau” để ký hợp đồng khống mua bán lòng vòng nâng giá các máy móc, thiết bị y tế, sau đó lập hồ sơ, tham gia đấu thầu vào Bệnh viện TP Thủ Đức.

Ngoài ra, bị cáo Quân còn chỉ đạo, gây sức ép với các nhân viên dưới quyền, thông đồng với Nguyễn Văn Lợi, lập, hoàn thiện hồ sơ, ký hợp thức các hồ sơ thầu để ấn định cho các công ty “sân sau” của Quân trúng 27 gói thầu cung cấp máy móc, thiết bị y tế và được bệnh viện thanh toán theo giá đã bị Quân, Lợi nâng khống.

Khi Bệnh viện Thủ Đức thanh toán tiền cho các công ty trúng thầu, bị cáo Quân chỉ đạo Nguyễn Văn Lợi rút tiền mặt hoặc chuyển vào các tài khoản theo yêu cầu của Quân để chiếm đoạt tổng số tiền hơn 103 tỉ đồng.

Nhằm che giấu số tiền đã chiếm đoạt, cựu Giám đốc Bệnh viện TP Thủ Đức đã chỉ đạo Lợi rút tiền mặt, chuyển khoản vào tài khoản của Quân và Nguyễn Trần Ngọc Diễm (vợ Quân) và tài khoản của công ty do Diễm đại diện đứng tên mua tài sản hoặc chuyển khoản trực tiếp vào tài khoản của công ty mà vợ chồng Quân mua nhà đất, mua xe và rút tiền mặt đưa cho vợ, chồng Quân sử dụng.