Theo hồ sơ điều tra, tháng 9.2021, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã phối hợp với Công an tỉnh Điện Biên xác minh vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật xảy ra tại Sở GDĐT Điện Biên và ra lệnh bắt giữ Nguyễn Văn Kiên - Giám đốc Sở GDĐT (tại thời điểm bị bắt) - để phục vụ điều tra.
Cơ quan điều tra xác định, Nguyễn Văn Kiên đã chỉ đạo một số cán bộ dưới quyền thông đồng cùng với Công ty Cổ phần Sách và thiết bị trường học Điện Biên (nhà thầu) và các công ty liên quan thực hiện các hành vi vi phạm Luật Đấu thầu, gây thiệt hại tài sản nhà nước.
Sau đó, Cơ quan CSĐT đã tiến hành bắt thêm 7 bị can khác gồm: Trịnh Mạnh Cường, Đinh Văn Hữu, Nguyễn Quang Tuyến, Võ Thúc Chính, Mai Thanh An, Hồ Thị Sáu, và Nguyễn Quốc Việt để điều tra về tội "Vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Bản cáo trạng dài 20 trang của Viện KSND tỉnh Điện Biên khẳng định, bị can Nguyễn Văn Kiên đã lợi dụng chức vụ quyền hạn can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu, vi phạm quy định của pháp luật về bảo đảm công bằng, minh bạch trong hoạt động đấu thầu, có tính chất vụ lợi.
Các bị can: Đinh Văn Hữu, Hồ Thị Sáu thực hiện hành vi thông thầu, vi phạm trong hoạt động đấu thầu; Trịnh Mạnh Cường lợi dụng chức vụ quyền hạn, can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu; Nguyễn Quang Tuyến, Võ Thúc Chính, Mai Thanh An vi phạm quy định của pháp luật về hoạt động đấu thầu…
Viện KSND tỉnh Điện Biên cáo buộc, Nguyễn Văn Kiên, Đinh Văn Hữu, Trịnh Mạnh Cường, Nguyễn Quang Tuyến, Hồ Thị Sáu, Nguyễn Quốc Việt phạm tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, thiệt hại cho nhà nước số tiền hơn 7,5 tỉ đồng.
Bị cáo Võ Thúc Chính gây thiệt hại cho nhà nước số tiền hơn 3,28 tỉ đồng, Mai Thanh An gây thiệt hại cho nhà nước số tiền hơn 4,23 tỉ đồng. Với tội danh trên, các bị cáo phải đối mặt với mức hình phạt từ 10-20 năm tù theo Khoản 3, Điều 222 Bộ luật Hình sự.
Ngoài ra, các bị can Đinh Văn Hữu, Nguyễn Văn Kiên, Trịnh Mạnh Cường, Nguyễn Quang Tuyến, Hồ Thị Sáu, Nguyễn Quốc Việt còn bị áp dụng tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự do phạm tội 2 lần trở lên theo điểm g, Khoản 1 Điều 52 Bộ luật hình sự.
Tháng 9.2021, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 53/QĐ-CSKT-P9 về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 222 Bộ luật hình sự xảy ra tại Sở GDĐT Điện Biên và các công ty, đơn vị có liên quan.
Đồng thời khởi tố bị can, bắt tạm giam 8 bị can đề điều tra về cùng tội danh, gồm: Nguyễn Văn Kiên - Giám đốc Sở GDĐT Điện Biên; Trịnh Mạnh Cường - Trưởng phòng Kế hoạch Tài chính (Sở GDĐT Điện Biên); Đinh Văn Hữu -Giám đốc Công ty Sách Điện Biên;
Nguyễn Quang Tuyến - Phó Giám đốc Công ty Sách Điện Biên; Võ Thúc Chính - Giám đốc Công ty T&C; Mai Thanh An - Giám đốc Công ty Tây Đô; Hồ Thị Sáu - Giám đốc Khối thẩm định III và Nguyễn Quốc Việt - Thẩm định viên Công ty BTC Value.
Vụ án sau đó được Bộ Công an ủy thác cho Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Điện Biên tiếp tục thụ lý.
Sau khi bị khởi tố, bắt tạm giam, các bị can và gia đình đã nộp hơn 4.4 tỉ đồng để khắc phục hậu quả, trong đó Nguyễn Văn Kiên đã nộp 2 tỉ đồng, Đinh Văn Hữu nộp 1,3 tỉ đồng.