Theo cáo trạng, 3,75ha đất tại khu phố 4, phường Phước Long B, quận 9 (nay thuộc TP.Thủ Đức) là đất của thành phố giao cho Sagri (doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước, do UBND TPHCM quản lý) hợp tác với Tổng Công ty Phong Phú để đầu tư dự án nhà ở. Tháng 4.2017, ông Lê Tấn Hùng gửi văn bản cho UBND thành phố, Sở Xây dựng đề nghị cho phép Sagri chuyển nhượng toàn bộ dự án cho Công ty Phong Phú.
Với vai trò là Phó Chủ tịch thành phố, bị cáo Trần Vĩnh Tuyến biết việc chuyển nhượng dự án này phải thực hiện theo quy định về quản lý, sử dụng vốn Nhà nước đầu tư vào các doanh nghiệp; phải thẩm định giá, xác định giá trị chuyển nhượng theo thị trường và các quy định khác của pháp luật.
Tuy nhiên, bị cáo Tuyến căn cứ vào tờ trình tham mưu, đề xuất của Sở Xây dựng do Giám đốc Trần Trọng Tuấn ký, đã chấp thuận cho Sagri chuyển nhượng dự án cho Tổng Công ty Cổ phần Phong Phú với giá hơn 168 tỉ đồng (tương đương hơn 10,5 triệu đồng/m2) - thấp hơn giá thị trường, gây thiệt hại nghiêm trọng cho Nhà nước.
Ngoài ra, dự án lúc này chỉ xây dựng được 80% công trình hạ tầng kỹ thuật, chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính với Nhà nước, chưa có phương án, kế hoạch thoái vốn được cấp có thẩm quyền phê duyệt...
VKSND Tối cao xác định, hành vi của ông Trần Vĩnh Tuyến đã tạo điều kiện cho bị cáo Hùng và đồng phạm thực hiện thủ tục chuyển nhượng dự án trái pháp luật, gây thiệt hại cho Nhà nước 672 tỉ đồng - tương đương với giá trị quyền sử dụng đất đã có hạ tầng của dự án tại thời điểm khởi tố vụ án là 864 tỉ đồng trừ đi số tiền hơn 192 tỉ đồng Sagri đã nhận.
Là người có vai trò chủ mưu trong vụ án, ông Lê Tấn Hùng (58 tuổi) - nguyên Tổng Giám đốc Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn - Sagri cùng 14 bị cáo nguyên là cán bộ của TPHCM bị truy tố về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản gây thất thoát lãng phí và Tham ô tài sản. Riêng khung hình phạt tội danh thứ hai của nhóm bị cáo này là 20 năm, chung thân hoặc tử hình.