Cụ thể, trong bản kết luận ra ngày 28.8, Cơ quan cảnh sát điều tra xác định ông Nguyễn Hồng Trường có hành vi "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí".

Theo kết luận điều tra, với vai trò Thứ trưởng Bộ GTVT, Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí tuyến đường cao tốc TP.Hồ Chí Minh- Trung Lương, ông Nguyễn Hồng Trường đã ký 03 văn bản gửi Bộ Tài chính để xin ý kiến về Đề án bán đấu giá quyền thu phí;

Ký Quyết định số 3051 phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí nhưng không thông qua Hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá; Ký Quyết định số 3107 ngày 8.10.2013 về việc ban hành quy chế bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.Hồ Chí Minh- Trung Lương trong đó cho phép Hội đồng bán chỉ định khi chỉ có 1 người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm.

Ký Văn bản số 11903 ngày 5.11.2013 thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An đủ điều kiện tham gia đấu giá quyền thu phí tuyến cao tốc TP.Hồ Chí Minh - Trung Lương khi chưa thông qua ý kiến của các thành viên Hội đồng bán đấu giá để xem xét quyết định.

Ký Quyết định số 3743 ngày 20.11.2013 phê duyệt cho Công ty Yên Khánh trúng đấu giá trong khi chỉ có 1 đơn vị là Công ty Yên Khánh tham gia đấu giá tài sản Nhà nước.

Khi Công ty Yên Khánh không thực hiện thanh toán đúng hạn như cam kết trong Hợp đồng mua bán quyền thu phí, trên cơ sở báo cáo của Tổng Công ty Cửu Long (chủ đầu tư dự án) và tham mưu của cấp dưới, ông Nguyễn Hồng Trường đã ký 9 văn bản, chủ trì 1 cuộc họp chỉ đạo Tổng công ty Cửu Long tiếp tục đôn đốc Công ty Yên Khánh trả tiền mà không chỉ đạo đình chỉ giao quyền thu phí, chấm dứt hợp đồng là trái với các quy định.

Cơ quan chức năng cáo buộc, hành vi của bị can Nguyễn Hồng Trường đã làm trái các quy định tại Điều 20, điểm b khoản 1 Điều 22, Điều 23 Nghị định 52/2009/NĐ-CP ngày 3.6.2009 của Chính phủ; Điều 21, Điều 37 Nghị định 17/2010/NĐ-CP ngày 04/3/2010 của Chính phủ; Thông tư liên tịch số 05/2004/TTLT-BGTVT-BTC; Điều 1, Điều 6, khoản 1 Điều 35 Quy chế bán đấu giá quyền thu phí, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước.

Hành vi của bị can Trường vi phạm nhiều quy định pháp luật gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước.

Hành vi của bị can Trường đã cấu thành tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” quy định tại khoản 3 Điều 219 Bộ luật hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung 2017), với vai trò đồng phạm.

Quá trình điều tra, bị can Trường đã thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, hợp tác với cơ quan điều tra. Quá trình công tác có nhiều thành tích được tặng thưởng nhiều Huân, Huy chương, Bằng khen, gia đình có công với cách mạng.

"Do đó, quá trình truy tố, xét xử Cơ quan điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ khi lượng khung hình phạt đối với bị can", kết luận điều tra nêu.