Trong cáo trạng truy tố, chuẩn bị đưa ra xét xử với 7 bị cáo liên quan đến sai phạm tại Công ty Việt Á, Học viện Quân y, Cơ quan Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương đã chỉ ra sai phạm của một số cá nhân liên quan, trong đó có Trung tướng Đỗ Quyết và 2 Thiếu tướng Hoàng Văn Lương, Lê Bách Quang.
Theo Viện kiểm sát, hành vi của Trung tướng Đỗ Quyết, Thiếu tướng Hoàng Văn Lương do tin tưởng cấp dưới trong nghiên cứu thực hiện đề tài và đấu thầu mua kit xét nghiệm nên "chưa kịp thời phát hiện, ngăn chặn vi phạm của cấp dưới".
Thiếu tướng Hoàng Văn Lương vì tin tưởng, không xem biên bản bàn giao do Công ty Việt Á soạn thảo, Hồ Anh Sơn - Phó Giám đốc Viện Nghiên cứu Y dược học quân sự, Học viện Quân y trình nên đã ký.
Thiếu tướng Lê Bách Quang, chủ tịch các hội đồng, do tin tưởng kết quả nghiên cứu của Học viện Quân y nên thông qua nghiệm thu giai đoạn 1 và nghiệm thu đề tài. Viện kiểm sát đánh giá hành vi của các cá nhân trên có dấu hiệu tội "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Tuy nhiên, do thời hạn điều tra vụ án đã hết nên Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng tách hành vi sai phạm của những người này để thu thập thêm tài liệu, chứng cứ, đánh giá mức độ sai phạm và xem xét trong cùng vụ án thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng cùng với bị can Nguyễn Thị Lan Anh đã được tách ra điều tra sau.
Theo cáo trạng, trong phiếu đề xuất nhiệm vụ khoa học của Đề tài nghiên cứu phát triển kit chẩn đoán viêm phổi do virus Corona, ông Hồ Anh Sơn đã đưa Công ty Việt Á tham gia (theo yêu cầu của Trịnh Thanh Hùng - cựu Phó Vụ trưởng Vụ khoa học và công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ), trình Thiếu tướng Hoàng Văn Lương - nguyên Phó Giám đốc Học viện Quân y ký.
Ngày 2.3.2020, Hồ Anh Sơn trình Trung tướng Đỗ Quyết, Giám đốc Học viện Quân y ký văn bản đề nghị Bộ Khoa học và Công nghệ thành lập Hội đồng nghiệm thu giai đoạn 1.
Sau đó, Phan Quốc Việt chỉ đạo Vũ Đình Hiệp - Phó Tổng Giám đốc Việt Á xây dựng biên bản Học viện Quân y bàn giao cho Công ty Việt Á với một số nội dung để chứng minh mối quan hệ giữa hai bên, theo đề nghị của Bộ Y tế, trước khi cấp phép chính thức lưu hành sản phẩm kit test.
Nội dung biên bản có nêu: "... Học viện Quân y đồng ý để Công ty Việt Á toàn quyền sử dụng sản phẩm của đề tài đăng ký lưu hành sản phẩm và đăng ký cấp chứng nhận lưu hành tự do tại Bộ Y tế cũng như sử dụng logo của Học viện Quân y trên bao bì".
Hiệp đã chuyển biên bản và nhờ Hồ Anh Sơn trình Thiếu tướng Hoàng Văn Lương ký. Theo cáo buộc, ông Lương không xem nội dung biên bản mà ký và đưa ngay lại cho Hồ Anh Sơn.
Cơ quan công tố cho rằng, Học viện Quân y không có thẩm quyền chuyển giao kết quả cho Công ty Việt Á theo nội dung biên bản trên.
Mặt khác, các ngày 22 và 29.10, ngày 25.12.2021, lần lượt Hội đồng nghiệm thu sản phẩm, quy trình của Học viện Quân y, Hội đồng cấp cơ sở Học viện Quân y (do Thiếu tướng Hoàng Văn Lương là chủ tịch) và Hội đồng đánh giá, nghiệm thu đề tài của Bộ Khoa học và Công nghệ (do Thiếu tướng Lê Bách Quang là chủ tịch) đều nghiệm thu, thông qua và đánh giá kết quả đề tài ở mức "Đạt".
Tuy nhiên, thực chất việc các hội đồng tổ chức nghiệm thu chỉ mang tính hình thức và không đúng bản chất, vì sản phẩm để chứng minh cho kết quả nghiên cứu đề tài không được sản xuất theo quy trình nghiên cứu và cũng không rõ nguồn gốc... Trong khi đó, quá trình mua kit xét nghiệm COVID-19 tại các tỉnh, thành (Bắc Ninh, Bắc Giang, TPHCM), của Học viện Quân y được xác định gây thiệt hại hơn 27,7 tỉ đồng.
Các quyết định mua sắm sản phẩm của Việt Á ở các tỉnh, thành trên đều ứng trước, hợp thức hồ sơ thanh toán sau. Việc mua sắm do Trung tướng Đỗ Quyết trình ký thủ trưởng, rồi thực hiện.