Theo nội dung vụ án, năm 2016, bị can Diệp Dũng đã tự ký công văn thông báo triển khai huy động vốn 2 đợt với số tiền 10.000 tỉ đồng nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam. Đợt 1 vào tháng 3.2016, Saigon Co.op nhận được 3.000 tỉ đồng từ các cá nhân, công ty góp vốn. Số tiền từ 6 công ty này dùng góp vốn là vay ngân hàng.

Ngày 19.8.2016, bị can Diệp Dũng không thông qua Hội đồng Quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn để đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam rồi tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với 2 công ty tư nhân với số tiền 1.000 tỉ đồng trên. Theo hợp đồng hợp tác đầu tư, Saigon Co.op được nhận tỉ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó, bị can Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỉ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm.

Các sai phạm của bị can Diệp Dũng và đồng phạm đã gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỉ đồng (trong đó thiệt hại về thuế hơn 29,7 tỉ đồng).

Ngày 5.6.2023, Viện KSND TPHCM ra quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung 3 vấn đề liên quan đến giám định chủ sở hữu một số tài khoản ngân hàng, quy trình chuyển tiền và các hồ sơ vay ngân hàng, hồ sơ hợp tác đầu tư của 4 doanh nghiệp.

Từ kết quả điều tra bổ sung và một số nội dung khác, cơ quan điều tra cho rằng không ảnh hưởng đến việc giải quyết vụ án, nên chuyển hồ sơ sang Viện KSND TPHCM, đề nghị truy tố bị can Diệp Dũng (cựu Chủ tịch HĐQT, đang thụ lý án 2 năm tù về tội "Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước" trong vụ án khác) và 8 đồng phạm về tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.