Theo nội dung kết luận điều tra: Lợi dụng chủ trương của UBND TP. Đà Nẵng trong việc tạo điều kiện bán nhà, đất công sản cho các đơn vị sự nghiệp công lập đóng trên địa bàn thành phố làm trụ sở và nhiệm vụ được Ban Biên tập Báo Đại Đoàn Kết giao, bị can Trương Duy Nhất đã lợi dụng danh nghĩa xin trụ sở cho Báo Đại Đoàn Kết, ký 4 văn bản gửi UBND TP. Đà Nẵng đề nghị được mua một căn nhà tại khu vực trung tâm thành phố theo diện công sản, không tính hệ số sinh lợi để báo làm trụ sở Văn phòng đại diện.
UBND TP. Đà Nẵng đã ra quyết định bán cho Văn phòng đại diện Báo Đại Đoàn Kết nhà, đất công sản số 82 (68 cũ) Trần Quốc Toản, phường Hải Châu I, quận Hải Châu, TP. Đà Nẵng.
Sau khi nhận được quyết định của UBND TP. Đà Nẵng, bị can Trương Duy Nhất đã cho Phan Văn Anh Vũ (Giám đốc Công ty Xây dựng 79) thay Báo Đại Đoàn Kết nộp tiền vào ngân sách Nhà nước và ký hợp đồng nguyên tắc, theo đó sẽ sang tên nhà, đất trên cho Công ty Xây dựng 79 bằng giá mua của Nhà nước.
Ngày 23.11.2004, bị can Trương Duy Nhất đã ký hợp đồng chuyển nhượng nhà, đất trên cho Công ty Xây dựng 79, gây thiệt hại 301.150.000 đồng cho ngân sách Nhà nước tại thời điểm năm 2004 và ảnh hưởng đến uy tín của Báo Đại Đoàn Kết.
Cơ quan CSĐT Bộ Công an nhận định, hành vi phạm tội của bị can Trương Duy Nhất đã gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước là 301.150.080 đồng (tại thời điểm tháng 7.2004) và là 13.128.828.600 đồng tại thời điểm phát hiện tội phạm (ngày 17.4.2018).
Cơ quan CSĐT Bộ Công an cũng nhận định: Hành vi của các ông Lê Quang Trang, nguyên Tổng Biên tập và ông Bùi Thượng Toản, nguyên Phó Tổng Biên tập Báo Đại Đoàn Kết đã có dấu hiệu phạm tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại khoản 1 Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền 301.150.080 đồng.
Tuy nhiên, căn cứ khoản 1 Điều 9 và khoản 2 Điều 27 Bộ Luật Hình sự, hành vi của các ông Lê Quang Trang và Bùi Thượng Toản đã hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự, vì vậy, Cơ quan CSĐT Bộ Công an không đặt vấn đề xem xét trách nhiệm hình sự đối với ông Lê Quang Trang và Bùi Thượng Toản.
Đối với lãnh đạo UBND và các sở, ban, ngành của TP. Đà Nẵng và một số cá nhân, tổ chức khác có liên quan đến việc tham mưu thu hồi và bán nhà, đất số 82 Trần Quốc Toản, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tách ra để xử lý trong vụ khác.
Trước đó, mở rộng điều tra vụ án “Vi phạm quy định về quản lý và sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” do bị can Phan Văn Anh Vũ, tức Vũ “nhôm” và đồng phạm thực hiện. xảy ra tại TP. Đà Nẵng, ngày 10.6.2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và thực hiện Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Trương Duy Nhất.
Ông Trương Duy Nhất bị bắt để điều tra về hành vi “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản”, quy định tại Điều 355 Bộ luật Hình sự, do có những vi phạm pháp luật liên quan đến nhà, đất công sản tại thành phố Đà Nẵng.
Bộ Công an cũng đã tiến hành khám xét chỗ ở của bị can Trương Duy Nhất, tại số nhà 25 Tống Phước Phổ, phường Hòa Cường Bắc, quận Hải Châu, TP. Đà Nẵng.